Miniconda3安装及fastq 安装

Miniconda3安装

任意浏览器输入：tuna anaconda

Snipaste_2020-03-25_10-59-53.png

再次选择：Miniconda3

Snipaste_2020-03-25_11-00-41.png

也可以从下载网址： conda官网：https://conda.io/miniconda.html

Snipaste_2020-03-25_11-01-44.png

选择适合自己的版本，用wget命令下载。

wget -c  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 

安装命令：

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

剩下的基本上Enter+yes.默认安装路径。

Please, press ENTER to continue（此处直接按enter）

===================================
Miniconda End User LicenseAgreement
===================================
.......（此处运行一会儿后不按空格不会继续往下，不要傻等，连续按几次空格，直到出现下面的提示）

Do you accept the license terms?[yes|no]
[no] >>>（这里输入yes，点击enter）

.......
[/home/fly-genome/miniconda3]>>> （会有提示是不是安装在这个路径，直接enter即可）

installation finished.
Do you wish the installer toinitialize Miniconda3
in your /home/you/.bashrc ?[yes|no]
[no] >>> （输入yes，目的是让conda自动配置环境变量）
.......

Thank you for installingMiniconda3!（出现这个代表安装成功）

最后一个也可以选择no
启动conda
在上一步选择no之后，输入conda是会报找不到此命令的。那要如何启动呢？
找到你刚才安装的miniconda，如果没有更改过安装位置的话应该是在/home下面，cd到miniconda3的bin目录下面，能看到有一个activate
所以在询问是否将conda加入环境变量的时候选择no。
这里需要给 ''' activate ''' 添加一下权限才能使用

chmod 777 activate  

最后 ，将coda加载到环境

source ~/.bashrc 

成功启动conda
当命令行前面出现 ''' (base) '''的时候说明现在已经在conda的环境中了。这时候输入 ''' conda list '''命令就有反应了.
conda list

查看当前所有软件列表png.png

也可以更新conda

conda update -n base -c defaults conda 

添加清华conda镜像源
添加清华源: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes/ 

如果要使用bioconda也可以添加镜像的同时添加

conda config --add channels defaults
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels defaults
conda config --add channels r
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

最后

conda config --set show_channel_urls yes 

查看channels:

 conda config --get channels

移除某个channels：

 conda config --remove channels  

使用conda/bioconda的过程其实也就是使用conda进行软件的安装和配置过程
主要的使用方法有两种：

直接配置到默认环境（适合root用户安装）
模拟虚拟环境（适合所有用户，有root和没有root都有OK）

fastq 安装

查看当前所有软件列表

conda list 

conda search fastqc  

安装软件

conda install fastqc -y  

【加上-y是自动安装,可以试试不加-y】
也可以安装自己想装的版本

conda install fastqc =  0 . 11. 7

倘若安装出问题

卸载软件

conda remove fastqc -y