GSAman | 我「玩着游戏」就把「科研做了」

据说，今天是「1024」，也就是网传的「程序员」节。虽然我不是「程序员」，不过今天还是可以给大伙分享一款「玩着游戏」就把「科研做了」的工具。

硬件配置要求

硬盘空间：不小于100Gb，我主要是担心你的 BAM 文件太大
内存大小：不小于 8Gb，其实 4Gb 也不是不行
CPU：能跑就行
GPU：基本用不上
其他：键盘鼠标，你总要有吧？

软件要求

操作系统：Windows XP 以上，最好 Win7 Win10；MacOS 也可以；Linux的话，也不是不行
程序要求：IGV-GSAman（到软件内测群获取）
其他：无，只是你最好有网络，有时候你还是想用一下一些搜索引擎，已经聊天

为什么玩？

玩一个游戏，关键是「获得现实生活中无法被满足的成就感」。GSAman是一款能让你同时在游戏里面以及在现实中都获得成就感的游戏。非常实用。我们可以看看，为什么会有成就感。
首先，这个游戏玩好了，那么就可以让不少人不会白做实验

其次，这个游戏玩好了，不会影响别人的心情

然后，这个游戏玩好了，可以让很多人少做一些实验，多点时间一起玩游戏

最后，这个游戏玩好了，还可以改变别人的人生轨迹！！！

所以，「GSAman」这个游戏，小玩可独善其身，大玩特玩可兼济天下。多有成就感？对不对？

怎么玩？

任务目标，非常简单，也就是「不择手段把一个基因组的基因结构注释给矫正完全」。这里我们看几个实例，比如

这个图中显示的，玉米这个位点的原始注释非常糟糕。把两个相邻基因的各一半注释成一个。你需要使用 GSAman 提供的各种工具，结合各类自己想象得到的手段，把这个区间注释成三个基因。这里可以相对明确的看到，应该是 三个基因。尤其是后面另个，肯定是要拆分开来。
具体也可以看看之前我们分享的游戏教程

https://www.bilibili.com/video/BV1FR4y197bb

你可以不择手段，比如使用近源物种的序列，注释信息；可以使用二代测序，三代测序，链特异转录组测序，甚至是任何组学数据；导入BLASTN结果等等。甚至，你还可以使用自己的超级大脑，去判断每一个外显子的边界，预测基因结构。
可以用的工具，非常丰富，比如

其中包括复制序列，一键重构转录本，增加，删除，切开，合并，调整信息。你一定要注意，键盘按住Ctrl或者Command键，就可以鼠标拖拽修改外显子的位置，这个是个秘诀。
当然，最好是参考这个博文《IGV-GSAman | 极大提高「功能基因组学」研究效率的基因组浏览器》。
还支持临时存档，时光机《GSAman | 「时光机」！人工矫正基因结构注释神器新特性~》。我们支持「后悔模式」，比如你刚刚做的操作，觉得玩得不对，那就退回去，重新玩。确保你的胜率一定不低。关键是这个是单机游戏，没人会知道你悔棋了。
以及游戏进度导出，Export to GFF3
甚至是「协作模式」，大家一起玩。你们可以约定好，每个人负责一条染色体，或者负责染色体的部分，然后分头行动，最后用「TBtools」的 GXF Patch 工具，一次合并成一个最终文件。这样就很快打通关。
当然，还可以伙伴竞赛。这个和「协作模式」一起，每个人负责一个染色体，或者一个物种，看谁先打通关。可以多次重复嘛，这样就很公平。
好好玩，说不定，那就是全课题组最靓的仔。