背景

在生物界里面，“演化”随处不在。随着时间的推移，在自然选择压力下，生物基因组会产生一定的突变，这里包括同义突变和非同义突变，同义突变由于不会对后续氨基酸序列，结构产生影响，所有不会对生物体产生很大影响
而非同义突变会改变氨基酸序列，从而影响蛋白质和功能

而我们这里重点讨论非同义突变。那么负选择是指群体中出现有害基因时，携带该基因的个体会因为生存力或育性降低而从群体中淘汰，而保留有利的一面；正选择与之相反，正选择则侧重于适应性演化，即有些基因被保留下来；当然还有一种是中性进化，即无所谓有利或不利，因此对于这些中性突变不会发生自然选择与适者生存的情况

omega值

对于两个物种的序列来说：
目前区分正选择，中性还是负选择的一个标准是omega值
该值定义为非同义突变碱基替换率（Ka）和同义突变碱基替换率（Ks）的比值：
omega = Ka / Ks
在这里我们需要注意的是，大部分同义突变被认为是中性进化积累的

对于两个物种的序列来说，这个比值的含义就是：

1. 当Ka / Ks < 1时，即非同义突变的频率小于同义突变，说明大部分非同义突变是有害的，在长期演化中没有被保留下来，只有少部分非同义突变被保留下来
2. 当Ka / Ks > 1时，即非同义突变的频率大于同义突变，说明大部分同义突变是有利的，在长期演化中被保留下来了
3. 当Ka / Ks = 1时，即非同义突变的频率等于同义突变，说明这是中性进化

当然omega值不是较好的评判标准：

对多个物种的基因序列进行正选择分析，若仍然按照两个物种时的要求，即分析该基因在物种进化中是否受到了正选择？这种结果可能不好说清楚。因为该基因可能在某一类群中序列很相似，其两两比较时，omega <= 1；而在另外一类群中两两比较时，很多时候omega > 1。最后软件可以从总体上给一个omega值，该值不可以拿来简单地评价该基因是否受到了正选择。所以，对多个物种进行正选择分析时，没法直接评价该基因是否受到了正选择。正选择只有在进行两两序列比较的时候，才能计算omega值，从而得到结果。

参考：http://bio-jiaxi.lofter.com/post/c009c_400128

http://www.chenlianfu.com/?p=3084