深度分析泛基因组_从头学习_

PCAWG:TCGA泛癌全基因组分析

2022-02-21  本文已影响0人  笺牒九州的怪咖

介绍

泛癌分析

我们都知道在TCGA数据库当中,包括了33种所有实体肿瘤的测序的结果。我们在进行TCGA数据分析的时候,除了可以对单一的癌种进行分析之外。还可以对所有的33种肿瘤进行统一的分析解读,来寻找33种肿瘤当中所存在的共同的特征。这就是我们说到的泛癌分析了。

关于泛癌分析的计划,从2013年就开始了。那个时候就提到了要对TCGA的所有数据来进行整合的分析。

The Cancer Genome Atlas Research Network., Weinstein, J., Collisson, E. et al. The Cancer Genome Atlas Pan-Cancer analysis project. Nat Genet 45, 1113–1120 (2013). https://doi.org/10.1038/ng.2764

在2018年的时候,TCGA的相关工作人员在cell旗下的等一系列的高分杂志上发表了27篇相关的相关泛癌分析的文献。当时的那个计划叫做泛癌图谱(Pan-Cancer Atlas)。

(https://www.genome.gov/Funded-Programs-Projects/Cancer-Genome-Atlas)

再往后系统的泛癌分析接下来就是到了今年的PCAWG了。

PCAWG

泛癌全基因组分析(Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes , PCAWG)是TCGA的相关工作人员,利用TCGA数据当中的WGS(全基因组测序)的数据。对所有肿瘤在DNA水平上的统一的分析。而这次的话,在nature旗下的杂志一次性的发表了17篇文章 (下一次的泛癌文章,会不会发到science旗下呢?)。

[Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes (nature.com)] The ICGC/TCGA Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes Consortium. Pan-cancer analysis of whole genomes. Nature 578, 82–93 (2020). https://doi.org/10.1038/s41586-020-1969-6

对于这次的PCAWG方面的分析,TCGA的工作人员通过主要是通过结构变异肿瘤进化突变特征癌症驱动基因调控以及相关工具来进行归类的。如果想要了解的可以点击阅读原文来查看所有的相关文献。

在线分析PCAWG的工具

为什么突然要介绍介绍PCAWG呢?这个因为最近在NATURE COMMUNICATIONS上发表了一篇介绍使用和可视化PCAWG数据的文献。在这个文献里面介绍了五个可以用来分析PCAWG的在线数据库。利用这五个数据库我们就可以来自己分析PCAWG的数据了。

Goldman, M.J., Zhang, J., Fonseca, N.A. et al. A user guide for the online exploration and visualization of PCAWG data. Nat Commun 11, 3400 (2020). https://doi.org/10.1038/s41467-020-16785-6

在这篇文章里面,同时也对这五个数据库的功能进行了一下简单的汇总。通过下面表格的汇总,通过?的表格看出

应用

在2020年Nature杂志及其子刊上,PCAWG项目组一共发表了22篇文章,涵盖了共计六个方面:

文章分别为:

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