学习小组day3笔记--清南北南

今天也是记流水账的一天，下载安装了 conda ，了解了一下 conda 环境，今天的任务还挺轻松的，但是让我对linux服务器上的软件安装好像认识得更直观了一点点。不过还是不完全明白，我们在服务器上能调用哪些范围内的软件？比如一个组每个同学有自己的账号，但是大家的目录都在课题组目录下，组里别的同学下载安装的软件我也能用，这是为什么呢，我们能调用到哪个层级的目录下的软件是取决于什么呀？

1. 登录服务器，查看服务器是多少位的，

   bio04@VM-0-6-ubuntu:~$ uname -a
   Linux VM-0-6-ubuntu 4.15.0-118-generic #119-Ubuntu 
   SMP Tue Sep 8 12:30:01 UTC 2020 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux
   

2. 看样子是 64 位的，然后去找miniconda for Linux 64的最新版本，顺利下载到了 biosoft 目录下

   bio04@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
   --2022-05-11 17:50:14--  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
   Resolving mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn (mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn)... 101.6.15.130, 2402:f000:1:400::2
   Connecting to mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn (mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn)|101.6.15.130|:443... connected.
   HTTP request sent, awaiting response... 200 OK
   Length: 75660608 (72M) [application/octet-stream]
   Saving to: ‘Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh’
   
   Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh         100%[==================================================================================>]  72.16M  1.19MB/s    in 70s     
   
   2022-05-11 17:51:25 (1.03 MB/s) - ‘Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh’ saved [75660608/75660608]
   

3. 重要步骤之安装
   输入 bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 之后enter了超多遍过了很多条款，终于到了 Do you accept the license terms? [yes|no] ，yes 了两下，成功安装！

   ==> For changes to take effect, close and re-open your current shell. <==
   
   If you'd prefer that conda's base environment not be activated on startup, 
   set the auto_activate_base parameter to false: 
   
   conda config --set auto_activate_base false
   
   Thank you for installing Miniconda3!
   ```
   

4. 重要步骤之激活
   听话地关闭了 Xshell 重新打开，结果发现没注意把conda3 安装到 biosoft 下，一不小心直接安装到了自己的主目录下。问题不大，继续激活。直接在主目录下输入 source ~/.bashrc ，之后在随便哪个文件夹下输入conda都能出来conda的基本信息，不太懂它的作用范围，查了一下安装路径，是在conda里面，所以是在我的主目录下都可以调用的意思吗？

   (base) bio04@VM-0-6-ubuntu:~/tmp$ whereis conda
   conda: /home/bio04/miniconda3/bin/conda /home/bio04/miniconda3/condabin/conda
   

5. 添加镜像：输入后没有什么反馈，应该就没事了吧
6. 正式使用conda：
   试了不加 -y 直接 conda install fastqc ，结果就是自己输了一个 y，别的似乎没啥，试了一些 fastqc -help 能看到帮助文档，到这里就安装好 fastqc 啦，也顺便看了看它安装到了哪里

   (base) bio04@VM-0-6-ubuntu:~$ whereis fastqc
   fastqc: /home/bio04/miniconda3/bin/fastqc
   

7. conda环境

   (base) bio04@VM-0-6-ubuntu:~$ conda info --envs
   # conda environments:
   #
   base                  *  /home/bio04/miniconda3
   
   (base) bio04@VM-0-6-ubuntu:~$ conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
   (base) bio04@VM-0-6-ubuntu:~$ conda info --envs
   # conda environments:
   #
   base                  *  /home/bio04/miniconda3
   rna-seq                  /home/bio04/miniconda3/envs/rna-seq
   
   (base) bio04@VM-0-6-ubuntu:~$ conda activate rna-seq
   (rna-seq) bio04@VM-0-6-ubuntu:~$ conda info --envs
   # conda environments:
   #
   base                     /home/bio04/miniconda3
   rna-seq               *  /home/bio04/miniconda3/envs/rna-seq
   

8. 见识了一次掉线）

   Socket error Event: 32 Error: 10053.
   Connection closing...Socket close.
   
   Connection closed by foreign host.
   
   Disconnected from remote host(linux) at 19:58:12.
   
   Type `help' to learn how to use Xshell prompt.
   [D:\~]$ 
   

那就到这里吧~