基因家族分析生信分析流程

基因家族分析三(构建基因家族系统发育树)

2020-02-26  本文已影响0人  多啦A梦的时光机_648d

一:NBS基因家族系统发育树

1. 将数据修改一下

在拟南芥基因家族分析(一)中我们已经将NBS的pep序列找到了,但是我们发现ID比较长,构树不好看,所以把ID改一下。


原数据
$sed 's/pep .*//g' final_all_NBS-ARC_qua.fa >phylogenetic_tree.fa
结果

2.将数据用clustalw比对

最后获得phylogenetic_tree.dnd与phylogenetic_tree.nxs文件(自己调整输出格式),再将dnd文件导入到MEGA及Fig tree中进行可视化。


部分结果

或者你也可以在MEGA进行比对,然后裁剪,只用保守区域构树,保存成NWK文件,再到Fig tree中美化。


结果文件
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