基因家族分析三(构建基因家族系统发育树)
2020-02-26 本文已影响0人
多啦A梦的时光机_648d
一:NBS基因家族系统发育树
1. 将数据修改一下
在拟南芥基因家族分析(一)中我们已经将NBS的pep序列找到了,但是我们发现ID比较长,构树不好看,所以把ID改一下。

$sed 's/pep .*//g' final_all_NBS-ARC_qua.fa >phylogenetic_tree.fa

2.将数据用clustalw比对
最后获得phylogenetic_tree.dnd与phylogenetic_tree.nxs文件(自己调整输出格式),再将dnd文件导入到MEGA及Fig tree中进行可视化。

或者你也可以在MEGA进行比对,然后裁剪,只用保守区域构树,保存成NWK文件,再到Fig tree中美化。
结果文件