10x单细胞转录组侵入了Denovo的世界（谈蚯蚓基因组文章）

2020年5月，Nature Communications发表了一篇蚯蚓基因组组装结合10x Genomics单细胞转录组测序探究蚯蚓再生机制的文章。

当时看到这篇报道的文献题目时，心情非常激动，没想到10x单细胞转录组如此快的侵入了Denovo的世界，选择的点也是非常好的，而且现如今denovo的文章能发在NC上，想必这个工作也应该是比较漂亮的。

晚上抱着虔诚的心情拿出来仔细拜读了一下原文，说实话，有点小失望。整体感觉作者能把这篇基因组文章发出来应该是经历了很多磨难，最后能被NC接收也算是比较幸运了。全篇总体看下来没有什么亮点和对再生机制解析比较深入的地方，对再生机制解释的几部分内容难免有生拉硬拽，硬往上靠的嫌疑，最后的单细胞转录组恐怕也有为了增加亮点后补进去的。当然，这只是我个人的推测，我们尊重作者在这篇文章上付出的努力，这里只客观评价，没有否定的意思。

因为没有特别亮点的深入的东西可以说，我大概介绍一下几块内容：

首先，文章结果第一部分，是denovo文章比较传统的行文思路，先介绍基因组组装的数据、组装方法和指标已经组装质量评估的内容（其实现在很多做的好的denovo文章都不会在正文里这样去写了）。这个基因组用了80X的Pacbio数据（用的Pacbio RS平台？？RS的平台是在2011年推出的，这个文章是做了几年了？？）然后用了100X的Hi-C，contig指标现在来看就算一般，740kb。当你看到文章主图的那一刹那，就会感觉事儿不好。。。主图是一个蚯蚓照片+核型照片+Hi-C组装的互作热图+基因组圈图。

接着，第二部分，作者用了大量的篇幅去讲蚯蚓再生过程中的表型观察，增加一些这部分内容是个好事儿，但是行文略显啰嗦。接着对再生过程不同时间点做了mRNA-seq，这部分不算有什么好结果，就是常规的对功能注释的结果做了一些推测，可能与再生有关。

再往下，讲的是重复序列和基因家族的分析，这部分硬围绕再生去靠的感觉就比较明显了，或许作者最初做这个蚯蚓基因组的工作希望能在进化上讲一些故事，所以重复序列的分析和基因家族，选择进化等方面应该都是做了常规的工作了，但是没有什么特别好的点，最后想把文章丢出去，只能选择围绕再生这个点，去从已经做了的工作中去找能够靠的上再生的一些内容去填进去。做的结果没有什么特别可以说的，就是说LINE2扩增，再结合之前做的mRNA-seq的结果，认为LINE2会影响一些再生相关基因表达。基因家族分析也是这样，找到一些有关的，或者报道的基因说一说。然后做了个WGCNA，相当大的篇幅，我也不想多说什么这块的内容了，没有什么增彩的地方。

最后说一下单细胞转录组部分，用10x Genomics的平台，测了切断前4个体节72h后的样本，一共只有2080个细胞，细胞数不多，不过也还可以，但是平均基因数只有493个，文章没有说明细胞的活率，是什么问题不清楚。对细胞进行分群，由于蚯蚓没有报道的干细胞marker基因，只能用跟再生相关的同源基因SOX2和ACTB来做，也确实发现了在一些cluster里表达，差异表达分析发现的高表达基因一些也跟干细胞有关，然后用其他的一些marker gene鉴定了一些类群，文章做到这里也就没什么了。可以说单细胞这部分除了算补充了个新技术，给文章增加点亮点，并没有对再生方面有更深入的解析。

如果大家感兴趣的话可以去看一下原文，我确实没有什么心情去详细给大家解读这篇文章了。如果大家对单细胞在再生方面的文章感兴趣，推荐一篇2018年发表在Science上的蝾螈指再生的单细胞文章，做的很漂亮。

「2020年06月10日 ·北京」

现在已经可以摘口罩啦，心情相当美好，甚至有种大难不死必有后福的赶脚^_^