GEOquery包的getGEO函数总是无法下载肿么办

在生信技能树我发布的GEO数据库挖掘教程也有不少了：目录：

解读GEO数据存放规律及下载，一文就够

解读SRA数据库规律一文就够

从GEO数据库下载得到表达矩阵 一文就够

GSEA分析一文就够（单机版+R语言版）

根据分组信息做差异分析- 这个一文不够的

差异分析得到的结果注释一文就够

通常我都是教大家使用下面的代码下载任意GEO数据库的数据集：

options(stringsAsFactors = F)
# 注意查看下载文件的大小，检查数据 
f='GSE76275_eSet.Rdata'

library(GEOquery)
# 这个包需要注意两个配置，一般来说自动化的配置是足够的。
#Setting options('download.file.method.GEOquery'='auto')
#Setting options('GEOquery.inmemory.gpl'=FALSE)
if(!file.exists(f)){
  gset <- getGEO('GSE76275', destdir=".",
                 AnnotGPL = F,     ## 注释文件
                 getGPL = F)       ## 平台文件
  save(gset,file=f)   ## 保存到本地
}
load('GSE76275_eSet.Rdata')  ## 载入数据

但总是有部分大陆的朋友使用起来很困难，错误如下：

image

通常只有的网络错误，都很诡异，毕竟长城在这里。

解决方式也简单，加上代码： options( 'download.file.method.GEOquery' = 'libcurl' ) 即可！

再次运行后如下：

image

修改后就没有问题啦，下载进度条很喜人：

image

但是，这个时候会引入另外一个问题，如下:

image

新的问题需要新的解决方案，我们下回再讲。