写在前面的话：刚刚检索发现简书上pyinstaller打包文章很多，所以，在此文章就不介绍pyinstaller打包的细节了，重点在解决上述问题，见谅！

现在主流的python打包软件有：py2exe, cx_Freeze, pyInstaller。其中
py2exe太麻烦，没用过。
cx_Freeze不支持python3.5，（这里提醒一句，现在python3.5受限制还是蛮大的，很多地方都不支持，很多经典的参考书还是基于2.7写的，我前一阵做软件就比较头疼。新手还是用低版本的入门好一些。貌似最近又出了3.6...）
所以我用了pyInstaller。
打包的时候命令为：

pyInstaller -F -w -p /dir1/;/dir2/ -i /dir3/icon.ico ***.py

简单解释一下参数：-F 表示生成单一的exe文件；
-w 表示生成的exe文件执行时去掉背后的dos窗口（这个不建议开始时使用，会影响报错信息的显示。）
-p pyinstaller仍然不够智能，很多包的位置需要手动提供，这个参数就是提供给pyinstaller包的位置（dir1，dir2），以分号隔开；
-i 加入图标
空格后是对应的要打包的python程序。

运行如下：

pyinstaller -F -p F:\python35-32\Lib\site-packages;F:\python35-32\Lib;F:\python35-32\Lib\site-packages\PyQt5\Qt\bin;F:\python35-32\Lib\site-pack
ages\matplotlib;F:\python35-32\Lib\site-packages\matplotlib\backends E:\0E207\soft\Cell_Similarity\CellSim.pyw

在dist目录下有打包好的程序，大小为31745kb：

Paste_Image.png

运行：

E:\0E207\soft\dist>.\dist\cellsim
Traceback (most recent call last):
  File "CellSim.pyw", line 6, in <module>
  File "F:\python35-32\lib\site-packages\pyinstaller-3.2.1-py3.5.egg\PyInstaller\loader\pyimod03_importers.py", line 389, in load_module
    exec(bytecode, module.__dict__)
  File "Lib\site-packages\matplotlib\pyplot.py", line 114, in <module>
  File "Lib\site-packages\matplotlib\backends\__init__.py", line 32, in pylab_setup
ImportError: No module named 'matplotlib.backends.backend_tkagg'
Failed to execute script CellSim

报错：找不到matplotlib.backends.backend_tkagg包，
我切到python，直接import matplotlib.backends.backend_tkagg，发现没有报错。所以应该是打包过程中的问题。
在刚才的命令后面加参数 --hidden-import matplotlib.backends.backend_tkagg
重新打包，结果如下：

Paste_Image.png

从图中可以看到打包生成的exe大小变大了，继续运行后发现报错变为另一个包不能导入，继续加上--hidden-import ****
再运行后成功。
贴上最终的代码(加图标)：

E:\0E207\soft\dist>pyinstaller -F -w -p F:\python35-32\Lib\site-packages;F:\python35-32\Lib;F:\python35-32\Lib\site-packages\PyQt5\Qt\bin;F:\python35-32\Lib\site-packa
ges\matplotlib;F:\python35-32\Lib\site-packages\matplotlib\backends -i E:\0E207\soft\Cell_Similarity\images\icon.ico E:\0E207\soft\Cell_Similarity\CellSim.pyw  --hidden-
import matplotlib.backends.backend_tkagg --hidden-import tkinter --hidden-import tkinter.filedialog

Paste_Image.png

说明:
1、我所有的包，包括pyinstaller都是pip3 install ***，来进行安装的。
2、32位下python 3.5.1可用，其他版本没试过
3、如果python代码需要导入文件，需要移动到文件所在目录（绝对路径不用）。