来自Gentore项目培训（奥胡斯大学，Ana Guilenea，2022/6/29）

目录

image.png

1 介绍

1.1 基因组数据

等位基因

image.png

二倍体基因组

image.png

SNP

image.png
image.png

SNP 芯片

image.png

例子

image.png

1.2 杂交

定义：

image.png

遗传给下一代

image.png

连锁

image.png

杂交类型

image.png

杂交发展的趋势

image.png

杂交公司

image.png

1.3 品种等位基因

定义：每个杂交动物的每个基因座的每个 SNP 等位基因的品种起源

image.png image.png

为什么要估计BOA

image.png

为什么是BOA

image.png

2 估计BOA

2.1 等位基因对齐(这步只需对来自不同研究的基因组数据进行)

image.png

2.2 定相和插补

定相

image.png
image.png

为什么需要定相

image.png

使用连锁或连锁不平衡（给出了软件）

image.png

基因型填充

image.png

影响其准确性

主要与参考数据有关

image.png

Beagle与 FImpute比较

图片来源：Chud, T.C.S., Ventura, R.V., Schenkel, F.S. et al. Strategies for genotype imputation in composite beef cattle. BMC Genet 16, 99 (2015). https://doi.org/10.1186/s12863-015-0251-7

image.png

练习使用了Fimpute

2.3 全球血统(只对需要鉴定纯种动物使用)

image.png

很难鉴定纯种的个体

image.png

对纯品质的定义

image.png

估计全球血统

image.png

软件Admiture:

image.png

要做CV测试，看分几个祖代群：

image.png

例子

image.png
image.png
image.png

例如RDC(北欧红牛)

image.png

其是非常复杂的群体：

image.png

结果

image.png image.png

结论是

image.png

使用Admixture作为例子

2.4 BOA估计

具有不同的软件

都以输入文件，方法，输出结果文件，结果，例子解释

image.png

2.4.1. ChromoPaiterV2

image.png

输入文件

image.png

算法

image.png

输出文件

image.png

例子-估计BOA

image.png
image.png

结果

image.png
image.png image.png
image.png

结论

image.png

2.4.2 BreedOrigin

输入文件

image.png

算法

image.png image.png
image.png

输出文件

image.png

2.4.3 CGRe

输入文件

image.png

例子

image.png image.png

结果

image.png

2.4.4 BOA

输入文件

image.png

算法

image.png
image.png
image.png image.png
image.png

2.4.5 AllOr

输入文件

image.png

#######参数文件

image.png

数据文件

编码后的牛号必须与基因型数据文件中牛号相同

image.png
image.png

算法

image.png

选择滑动窗口

image.png

不断移动

image.png
image.png
image.png image.png
image.png
image.png
image.png
image.png
image.png
image.png

#######输出文件

image.png
image.png
image.png

五个软件的总结和对比

image.png

测试

image.png
image.png
image.png

BOA矩阵

image.png
image.png
image.png

所有的总结

image.png

估计BOA步骤

image.png

例子文章

image.png

练习使用Allor