第1周 生信人应该具备的能力和开发环境配置
2017-10-22 本文已影响49人
chaimol
1.生信人应具备的能力
- creativity, sensitivity, and imagination /创造新思维,敏锐观察力和想象力。
- Protocols should be viewed as guidelines, not as rules that guarantee success. /功夫需要有招式,但是不拘泥于招式。
- extensive practice, and familiarity with multiple analytical frameworks。
/勤能补拙,多学多练,熟悉多种分析流程(先学剑谱)。 - think "outside the box" /跳出惯性思维
a solid foundation and an in-depth understanding of concepts are required of anyone who wishes to develop the particular creativity needed to succeed in this field./坚实的基础,深度的理解底层内容是成为大牛的前提。(任何行业都是如此)
2.系统开发环境配置
1. Prepare your computer.
2. Install conda.
3. Activate bioconda.
4. Install the software.
- 在笔记本上(i3 3代,8G内存),安装win10系统,从win8.1升级到win10,之后进入设置打开开发者模式,打开Windows添加新功能,安装linux(beta)。
- 设置包更新服务器
sudo sed -i 's/archive.ubuntu.com/mirrors.ustc.edu.cn/g' /etc/apt/sources.list
sudo apt update
sudo apt upgrade
/安装更新 - 初始化终端
curl http://data.biostarhandbook.com/install/bash_profile.txt >> ~/.bash_profile
curl http://data.biostarhandbook.com/install/bashrc.txt >> ~/.bashrc
打开新的终端运行source ~/.bash_profile
- 安装conda
curl -O https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
安装完成后,在新的终端运行conda -V
,应该会出现conda的版本号。 - 更换conda源:
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --set show_channel_urls yes
1、conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
2、conda config --set show_channel_urls yes
#?conda更换源的问题仍无法解决
更换到清华源之后仍然无法连接网络。
目前卡在这一步,没找到阿里或者中科大的conda源。清华的链接也无法直接访问。