SNP对于m6A修饰的调控
写在前面
之前的两天，我们介绍了关于预测m6A调控的数据库。关于m6A的调控和核苷酸序列有关系。其主要是通过识别GGm6ACU基序来进行调控的。所以影响基因序列发生变化了情况。就有可能m6A修饰就可能发生变化。而单核苷酸多态性(SNP)是指在基因组水平上单个核苷酸多态性的变化引起的基因序列的变异。虽然是单个核苷酸的变化，也可以引起m6A修饰的变化。
今天就给大家介绍一个预测SNP对于m6A修饰影响的数据库:m6AVar(http://m6avar.renlab.org/)。利用这个数据库，我们可以查找到影响m6A修饰的SNP位点。同时这个数据库包括了SNP对于转录后调控以及miRNA结合的预测。以及SNP对于疾病影响的查询。
PS：这个数据库是可以分析人和老鼠两个物种的哈。
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m6AVar
这个数据库在检索方面，允许我们使用多种方式检索。我们可以输入
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SNP编号：这个编号一般都是rs开头的，例如rs587780549。具体的SNP变化我们可以在ncbi当中的SNP数据库查到
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基因名：这个基因名就是我们常规使用的基因名了，不能输入ENSEMBL编号上面的
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基因范围：有时候我们可能想要查看比如启动区或者基因间区的SNP，这个时候我们输入基因就不行了。这个时候就可以输入一段基因范围。输入方式的话是这个样子的：chr17:41243904..41245109。先是染色体位置，在输入起始位置和终止位置。
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疾病：这个数据库纳入了GWAS和ClinVar两个储存疾病相关突变的数据库。通过检索疾病，首先是获得和疾病相关的SNP进一步再看这个SNP是否影响m6A修饰。
我们在检索的时候，选择自己想要检索的类型即可。例如我们选择输入SNP 、输入rs745887037。
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检索完之后，我们就可以得到这样一个表格。里面包括了数据库包括的主要信息。其中在转录调控这个方面，这个数据库包括了这个位点RNA绑定绑定的调控(基于starBase2和CLIPdb数据库)、可变剪切因子的调控以及miRNA的调控(基于starBase2)
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我们可以点击“Detail”来查看详细信息。具体的详细信息包括
- SNP相关的具体信息，其中包括其主要的序列。这个里面还有一个信息是m6A status。这个代表SNP的改变对于m6A修饰是增加了还是减少了。这个结果是基于他们自己课题组另外一个软件： m6AFinder计算出来的。
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- SNP具体的信息
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- 最后的就是在转录调控和疾病的具体信息了。由于这个rs号和疾病没有关系。我们就看不到疾病的相关信息了。
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数据库总结
通过这个数据库我们除了可以看到SNP对于m6A的影响之外还可以看到SNP对于其他的一些转录调控的影响。进而多方面的评价SNP对于基因表达调控的影响。基本功能就是这些。有需要的可以去查一下哈。
