{大型吃瓜现场}先有转录因子的结合然后才导致DNA去甲基化？

放在最前面的话： 由于每次做完文献汇报以后，不久回头去看的时候又是以偷懵逼，于是在此记录文献的内容。

Gene activation precedes DNA demethylation in response to infection in human dendritic cells

• 先吃瓜再看文献。
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• 首先大佬庆祝了一下paper终于见刊了，说DNA去甲基化是由于转录因子结合所引起的。

  
  

• 然后下面发来一片祝贺声，并且很多人点赞和转发。

下面是一些看法

This is the latest in a long line of Action > Chromatin Change > DNA methylation change across lots of systems. XCI in differentiating ES cells another good example of this.
　　　　　　　　　　　　　　－Matthew Wakefield @genomematt

Brodin提问：那么我们可以预测感染后测量基因表达的诱导甲基化模式吗？...以及随后的反复刺激/感染甲基化的后果是什么？
Luis回答说在本论文的最后一句话：“我们推测，感染后的去甲基化可能在先天免疫记忆中具有特定的生物学作用......可以更快地应对继发感染。”我们正试图通过实验验证这一假设！ ---- 表观记忆？
Brodin表示后续会focus新进展。
James跳了出来说：It's not a hypothesis. Here's the model of biophysically constrained viral latency and transgenerational epigenetic inheritance.并且抛出了文献链接 Nutrient-dependent Pheromone-Controlled Ecological Adaptations: From Angstroms to Ecosystems 。（特别喜欢大佬用文献说话）

Amin表示有疑问：Any ideas about the genomic context of the methylation; promoter vs gene body for example!
Luis回答说:Virtually all changes occur at putative enhancer elements. Promoter methylation levels are very static.表示启动子区甲基化是非常static, 大多数改变是发生在一些增强子原件上。

Einstein说：DNMTs和TETs(以及染色质修饰相关基因)缺乏序列识别，必须被引导到它们的目标。把DNA甲基化看作是TF结合的足迹。是果不是因。可能大部分时间都是对的。
哈哈，看到一直很喜欢的一个大佬Ming Tang也在下面有留言：Saw the preprint and glad to see it is published. Some TFs binding is DNAmeth sensitive. CTCF at H19 imprinting locus. It is also loss of binding first and then DNAmeth comes? 表示自己很早就在预印本上就开始关注了，如今发表了甚是欣慰。然后也阐明了自己的一些疑问：一些TFs的结合是DNA甲基化敏感的，H19印迹位点的CTCF。也就是先是失去绑定，然后是DNAmeth来了吗？
Einstein表示这只是一个例子而不是一个光谱现象。
Kasper表示：一般情况下，但有一些染色质修饰因子具有序列识别，例如多种PRDM蛋白。并且丢了一篇文献Coexpression patterns define epigenetic regulators associated with neurological dysfunction和相关list

紧接着Tim表示很多这样的现象，并且随带了一篇发表在2017年Science上关于胞嘧啶甲基化对人类转录因子DNA结合特异性的影响的文章Impact of cytosine methylation on DNA binding specificities of human transcription factors。（这篇文章虽然没看，但是能发在science上，如果研究DNA甲基化与转录因子的这文章应该必看）
Einstein表示虽然上面发了Science，但是but needs in vivo support at this stage.
jenny表示赞同Einstein说的。虽然与拟南芥中的一个做乙烯的大佬Joseph R.Ecker2016年发表在Cell Cistrome and Epicistrome Features Shape the Regulatory DNA Landscape (哈哈，此处不知道莫名其妙想手动@熊),以及在2018年发表在elife的Genome-wide quantification of the effects of DNA methylation on human gene regulation得到的结论也一致。但是仍然需要更多的证据。（我好想说研究这两者好烧钱。。）

更多的瓜移至大佬主页，并且把文中提到的文献看一遍更有意思。

• 文献提取：
  • 2018 Journal of Genetics and DNA Research : Nutrient-dependent Pheromone-Controlled Ecological Adaptations: From Angstroms to Ecosystems
  • 2018 Genome ResearchCoexpression patterns define epigenetic regulators associated with neurological dysfunction
  • 2017 Science :Impact of cytosine methylation on DNA binding specificities of human transcription factors
  • 2016 Cell: Cistrome and Epicistrome Features Shape the Regulatory DNA Landscape
  • 2018 elife: Genome-wide quantification of the effects of DNA methylation on human gene regulation