用UCSC Xena看癌症基因的表达量及生存量

UCSC Xena允许用户探索基因组和/或表型变量之间相关性的功能基因组数据集。
其囊括TCGA等多个数据库的数据。
我们以BRCA的C21orf58基因为例，看一下如何使用Xena探索基因的表达量及生存情况。
首先进入官网 https://xenabrowser.net/

1.选择要探索的数据库及数据内容，DONE一下

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2.选择基因型，输入基因名C21orf58，看表达情况

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3.选择以样本类型看基因的表达及生存情况

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4.看到Kaplan Meier Plot就知道是生存曲线了

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咦 怎么肿瘤生存期限比正常的长....因为我们选的是都表达C21orf58基因的生存分析

5.看一下表达情况

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肿瘤该基因的表达量明显高于正常组织。

另外，我们再看一下TP53基因表达程度在HCC中生存情况对比。

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可以看到TP53表达量越高一定程度上影响其长期生存。

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参考来源：生信技能树

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