mafft+iqtree构建进化树

mafft可以用来进行快速的序列比对，因为其可以设置多线程。具体的命令行如下：

mafft --thread 20 infile.fa > infile_aligned.fa

接下来等着运算完就可以使用iqtree来建树了，具体命令行如下：

iqtree -s infile_aligned.fa -b 1000

-b指代的是bootstrap值，一般设置为1000。
接下来文件夹中会出现一堆文件，后缀为treefile的文件即最终的树文件。