SeuratData||你需要的单细胞数据分析实例数据合集

SeuratData是一种使用R的内部包和数据管理系统以Seurat对象的形式分发数据集的机制。它代表了一种方便用户访问Seurat中使用的数据集的方法。

我们创建了seuratdata，以便以尽可能方便和可重复的方式分发seurat vignette的数据集。我们还希望为用户提供灵活性，以便有选择地安装和加载感兴趣的数据集，从而最大限度地减少磁盘存储和内存使用。

为了实现这一点，我们选择通过单个R包分发数据集。在引擎盖下，SeuratData使用并扩展了标准的R函数，例如用于数据集安装的install.packages、用于数据集列表的available.packages和用于数据集加载的数据。

因此，seuratData充当R的更具体的包管理器（类似于metapackage）。我们围绕R的包管理功能提供包装器，扩展它们以提供有关每个数据集的相关元数据，并将默认设置（例如，存储数据的存储库）方便安装。

devtools::install_github('satijalab/seurat-data')
library(SeuratData)
AvailableData()
                    Dataset Version                                                        Summary species            system ncells
cbmc.SeuratData         cbmc   3.0.0                   scRNAseq and 13-antibody sequencing of CBMCs   human CBMC (cord blood)   8617
hcabm40k.SeuratData hcabm40k   3.0.0 40,000 Cells From the Human Cell Atlas ICA Bone Marrow Dataset   human       bone marrow  40000
ifnb.SeuratData         ifnb   3.0.0                              IFNB-Stimulated and Control PBMCs   human              PBMC  13999
panc8.SeuratData       panc8   3.0.2               Eight Pancreas Datasets Across Five Technologies   human Pancreatic Islets  14892
pbmc3k.SeuratData     pbmc3k   3.0.0                                     3k PBMCs from 10X Genomics   human              PBMC   2700
pbmcsca.SeuratData   pbmcsca   3.0.0           Broad Institute PBMC Systematic Comparative Analysis   human              PBMC  31021
                                                                               tech         notes Installed InstalledVersion
cbmc.SeuratData                                                            CITE-seq          <NA>     FALSE             <NA>
hcabm40k.SeuratData                                                          10x v2          <NA>     FALSE             <NA>
ifnb.SeuratData                                                              10x v1          <NA>     FALSE             <NA>
panc8.SeuratData                   SMARTSeq2, Fluidigm C1, CelSeq, CelSeq2, inDrops          <NA>     FALSE             <NA>
pbmc3k.SeuratData                                                            10x v1          <NA>     FALSE             <NA>
pbmcsca.SeuratData  10x v2, 10x v3, SMARTSeq2, Seq-Well, inDrops, Drop-seq, CelSeq2 HCA benchmark     FALSE             <NA>

当你需要用到某个数据集的时候：

InstallData("pbmc3k")
 data("pbmc3k")

pbmc3k
An object of class Seurat
13714 features across 2700 samples within 1 assay
Active assay: RNA (13714 features)

作者信息：

citation('cbmc.SeuratData')

To cite the CBMC dataset, please use:

  Stoeckius et al. Simultaneous epitope and transcriptome measurement in
  single cells. Nature Methods (2017)

A BibTeX entry for LaTeX users is

  @Article{,
    author = {Marlon Stoeckius and Christoph Hafemeister and William Stephenson and Brian Houck-Loomis and Pratip K Chattopadhyay and Harold Swerdlow and Rahul Satija and Peter Smibert},
    title = {Simultaneous epitope and transcriptome measurement in single cells},
    journal = {Nature Methods},
    year = {2017},
    doi = {10.1038/nmeth.4380},
    url = {https://www.nature.com/articles/nmeth.4380},
  }

data