预测差异表达基因集的转录调控子的工具-Lisa

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刘小乐老师课题组发布了一个用于预测差异表达或共表达基因集的转录调控子的工具Lisa
文章为：《Lisa: inferring transcriptional regulators through integrative modeling of public chromatin accessibility and ChIP-seq data》
原文链接：https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-020-1934-6

下面介绍这个转录调控子预测工具的用法。
使用网址：http://lisa.cistrome.org/

转录调控子（Transcriptional regulatory，TRs）包括转录因子（transcription factors，TFs）和染色质调控因子（chromatin regulatory， CRs）。Lisa主要是利用来自人和小鼠的DNase-seq与H3K27ac和 ChIP-seq的数据，来确定导致差异表达的基因集的转录因子和调控因子。

使用Lisa，唯一需要的是任何生物学过程中的差异基因列表。基因集可以是official gene symbols or refseq ids （refseq id应删除版本号，例如NM_001145775或XR_112606）。然后，利用最全面的DNase和ChIP-seq数据库（CistromeDB）的来发现关键的转录因子和染色质调控因子。

使用很简单，只需要输入差异基因集

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预测结果：

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参考：
https://mp.weixin.qq.com/s/DI8fxtKSuZ_LemxhFznSDg