BPGA--细菌泛基因组分析软件包
2022-05-26 本文已影响0人
Dayueban
经历过OrthoMCL软件包安装的艰辛（然而，终究也没安装成功），就知道转而用BPGA包是有多么香了。话不多说，来看看BPGA是如何安装且使用的吧
一、BPGA下载和安装
首先是GPGA的官方网站：https://iicb.res.in/bpga/index.html
image.png
- 接下里就是点击左边的
Downloads；
按照下图所示进行点击进入软件包所在位置
图一 BPGA网站界面
我选择的是Linux版本的软件包
图二 BPGA下载界面
#下载
wget https://master.dl.sourceforge.net/project/bpgatool/BPGA-1.3-linux-x86_64-0-0-0.tar.gz?viasf=1 -O BPGA_V1.3_linux.tar.gz
#解压缩
tar zxvf BPGA_V1.3_linux.tar.gz
#更改权限，进入该软件的bin/目录下
chmod +x BPGA-Version-1.3
- 软件的配置--usearch
该软件的运行还需要下载usearch软件，后期聚类过程会用到
usearch网址：https://www.drive5.com/usearch/download.html，但是该软件32位的是免费的，64位的是收费的，那只能选择32的进行下载了
图三 usearch下载界面
#usearch下载
wget https://www.drive5.com/downloads/usearch11.0.667_i86linux32.gz -O usearch_linux32.gz
#解压缩
gunzip usearch_linux32.gz
#赋予可执行权限
chmod +x usearch
#将其添加到环境变量中
echo 'export PATH=/home/ahykdx/bio_tools:$PATH' >>~/.bashrc
source ~/.bashrc
前面说到BPGA软件的运行需要usearch软件的加持，且软件使用说明书里面明确需要将usearch软件copy到BPGA的bin目录下，因此：
cp /home/.../usearch /home.../BPGA-Version-1.3/bin
二、BPGA软件的使用
那么安装好了，肯定是要用起来的咯，首先从准备文件开始
首先是官网中给出了输入文件的类型，你们看看
图四 BPGA输入文件格式
反正准备好上述四种格式文件就可以，我根据自己的数据情况，选择的是第四种格式。其实也就是一般的fasta文件格式就行。
如果有好几个细菌的基因组，那就需要把对应的每个个体的蛋白序列复制到一个文件夹下，然后以xx.fastafasta文件格式结尾，要全部统一成这种文件命名格式，否则后期运行会报错
全部准备好的话，就可以开始运BPGA软件了
#首先要告知的是该软件是从终端不断按照指令输入，类似于交互式执行的方式，首先输入以下命令
BPGA-Version-1.3 # 前面忘记写了，就是得把BPGA 软件的bin目录放到环境变量中去。
然后根据以下提示：
图五 BPGA运行选择对应的选项
-
我选择的是
3，一键完成1和2的内容，是我喜欢的风格 -
接下来就是问你输入文件的格式
图六 选择输入文件的格式
我选择的是第四种文件格式。
-
接下来就是输入文件所在的目录就可以了
图七 输入文件所在的目录
# 比如我准备的几种细菌的基因组蛋白序列是在/home.../bacteria/protein_fasta目录下，那我就在Enter:后面将我的目录paste后点击Enter键就可以不管，让软件自己一键运行就能完成。
Enter: /home.../bacteria/protein_fasta
写在最后
其实到这里，基本上BPGA软件的介绍就结束了，感兴趣的可以试一下，反正是暂时解决了我装不上OrthoMCL软件的烦恼。
