R语言ggplot2漂亮的热图和配色 简单小例子

偶然间在github 上发现的这个链接，示例数据和代码都有，很好的R语言学习素材 链接是 https://github.com/blmoore/blogR ，主要内容有

image.png

光看这个可能有些枯燥，我们来看结果图

image.png image.png image.png image.png image.png image.png

这些看起来是不是还挺酷炫的，接下来的推文争取把这些图片对应的代码全部重复一遍，今天重复这个热图

这个图具体的数据是什么意思暂时还没太看明白，最终用于作图的数据格式如下

image.png

前半部分准备数据的代码这里就不介绍了

image.png

准备数据的过程可能稍微有点枯燥，大家感兴趣的话可以自己研究研究

我们直接运行画图代码

加载ggplot2

library(ggplot2)

最基本的热图

ggplot(mdf, aes(y=state, x=year, fill=c)) + 
  geom_tile()

image.png

调整热图方块的一些内容

ggplot(mdf, aes(y=state, x=year, fill=c)) + 
  geom_tile(colour="white", 
            #linewidth=2, 
            width=.9, 
            height=.9)

image.png

这里原来热图对应的小单元格高和宽是都可以调整的

调整热图的颜色和图例

ggplot(mdf, aes(y=state, x=year, fill=c)) + 
  geom_tile(colour="white", 
            #linewidth=2, 
            width=.9, 
            height=.9)+
  theme_minimal()+
  scale_fill_gradientn(colours=cols, limits=c(0, 4000),
                       breaks=seq(0, 4e3, by=1e3), 
                       na.value=rgb(246, 246, 246, max=255),
                       labels=c("0k", "1k", "2k", "3k", "4k"),
                       guide=guide_colourbar(ticks=T, 
                                             nbin=50,
                                             barheight=.5, 
                                             label=T,
                                             barwidth=10))+
  theme(legend.position = "top")

image.png

最终的结果

ggplot(mdf, aes(y=state, x=year, fill=c)) + 
  geom_tile(colour="white", 
            #linewidth=2, 
            width=.9, 
            height=.9)+
  theme_minimal()+
  scale_fill_gradientn(colours=cols, limits=c(0, 4000),
                       breaks=seq(0, 4e3, by=1e3), 
                       na.value=rgb(246, 246, 246, max=255),
                       labels=c("0k", "1k", "2k", "3k", "4k"),
                       guide=guide_colourbar(ticks=T, 
                                             nbin=50,
                                             barheight=.5, 
                                             label=T,
                                             barwidth=10))+
  #theme(legend.position = "top")+
  scale_x_continuous(expand=c(0,0), 
                     breaks=seq(1930, 2010, by=10)) +
  geom_segment(x=1963, xend=1963, y=0, yend=51.5, size=.9, lineend = "round") +
  labs(x="", y="", fill="") +
  ggtitle("Measles") +
  theme(legend.position=c(.5, -.13),
        legend.direction="horizontal",
        legend.text=element_text(colour="grey20"),
        plot.margin=grid::unit(c(.5,.5,1.5,.5), "cm"),
        axis.text.y=element_text(size=6, 
                                 #family="Helvetica", 
                                 hjust=1),
        axis.text.x=element_text(size=8),
        axis.line.x=element_line(colour="grey20", 
                                 size=0.5),
        #axis.ticks.y=element_blank(),
        #axis.ticks.x=element_blank(),
        #axis.ticks.length=grid::unit(1, "cm"),
        panel.grid=element_blank(),
        title=element_text(hjust=-.07, 
                           face="bold", 
                           vjust=1)) +
  annotate("text", label="Vaccine introduced",
           x=1963, y=53, vjust=1, hjust=0,
           size=I(3))

image.png

这个热图最终还挺漂亮的

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