DnaSP 种群遗传多样性分析2023-03-08
2023-03-07 本文已影响0人
土雕艺术家
DnaSP 6.0计算
- 系统发育分支的多态位点数( polymorphic sites，S)
- 单倍型数( the number ofhaplotypes，H)
- 单倍型多样性(haplotype diversity，Hd)
- 核苷酸多样性(nucleotide diversity，Pi）
准备好对齐的序列alignment。打开DnaSP 6.0软件后点File选择Open Data File...选择需要进行分析的对齐序列。
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DnaSP 6.0默认应该是选择All Data Files但是这个格式不认识文件后缀是.fasta,选择最下面的All files就可以选择输入的文件了。
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文件导入以后点开Analysis菜单栏的DNA Polymorphism，弹出的窗口直接点ok，就可以得到开头所说的四个数值。
Polymorphism多态性
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