基因注释与功能分类(1)
2022-04-16 本文已影响0人
花生学生信
功能基因组学的主要任务之一是进行基因组功能注释(genome annotation),了解基因的功能,认识基因与疾病的关系,掌握基因的产物及其在生命活动中的作用等。
快速有效的基因注释对进一步识别基因,研究基因的表达调控机制,研究基因在生物体代谢途径中的地位,分析基因、基因产物之间的相互作用关系,预测和发现蛋白质功能,揭示生命的起源和进化等具有重要的意义。
基因本体(gene ontology, GO)数据库
基因本体数据库是GO组织(Gene Ontology Consortium)在2000年构建的一个结构化的标准生物学模型,旨在建立基因及其产物知识的标准词汇体系,涵盖了基因的细胞组分(cellular component)、分子功能(molecular function)、生物学过程(biological process)。
GO数据库最初收录的基因信息来源于3个模式生物数据库:果蝇、酵母和小鼠,随后相继收录了更多数据,其中包括国际上主要的植物,动物和微生物基因组数据库。

GO注释体系特点
GO通过控制注释词汇的层次结构使得研究人员能够从不同层面查询和使用基因注释信息。
从整体上来看GO注释系统是一个有向无环图(Directed Acyclic Graphs),包含三个分支,即: 生物学过程(biological process),分子功能(molecular function)和细胞组分(cellular component)。
注释系统中每一个结点(node)都是基因或蛋白的一种描述,结点之间保持严格的关系,即“is a”或“part of”。
