表观研究数据库推荐 | 查询疾病/表型与表观遗传之间的联系，原来

表观基因组关联分析（Epigenome-wide Association Study，EWAS），即基于全基因组范围寻找组间的表观遗传学标记的差别或特征，是研究复杂疾病遗传学基础的一种有效方法。来自哈尔滨医科大学的研究人员开发了一个综合性的EWAS数据库：EWASdb，为疾病/表型的表观遗传学研究提供便捷的数据资源。其相关研究成果已发表在《Nucleic acids research》。

EWASdb存储了EWASs DNA甲基化的表观遗传关联结果。目前的版本中，其已经管理了1319个EWASs，与302种疾病/表型相关。

为什么要构建EWASdb？

EWASs的结果缺乏专业数据库存档

DNA甲基化在调控染色质结构和基因表达方面起着关键作用，参与了人类发育、衰老、基因组印记和抑癌基因失活等多种关键生物学过程。EWAS为复杂疾病或表型的研究提供了有效手段。然而，并没有一个完整的数据库来存档EWASs的结果。

EWASdb存储了EWASs DNA甲基化的表观遗传关联结果，可用于查询复杂疾病或表型显著相关的DNA甲基化标记、基因、KEGG通路和GO分类。

EWASdb管理的数据概要

EWASdb能做什么？

查询功能

模块一：EWAS for single marker  

在这个搜索模块中，EWASdb提供了五种不同的方法来搜索与疾病/表型相关的单个DNA甲基化标记的详细信息：1）疾病名称/表型；2）EWAS ID：可以输入从EWAS1到EWAS1319的任何条目；3）基因名称；4）

CpG位点编号：cg#；5）染色体区域位置：chr#。

操作示例：以胶质瘤为例，Search by disease/phenotype输入glioma，即可得到与胶质瘤相关的DNA甲基化标记列表，点击EWAS ID可得到每个EWAS的详细信息。

模块二：EWAS for KEGG Pathway  

在这个搜索模块中，用户可使用单一条件搜索（KEGG ID、KEGG名称、EWAS ID）或多条件搜索（KEGG ID/KEGG名称+EWAS ID）， 获取涉及该通路的EWASs详细信息。

操作示例：以半乳糖代谢为例，Search by KEGG_Name输入Galactose metabolism，即可获取涉及该通路的EWASs列表，点击EWAS ID可得到每个EWAS的详细信息。

模块三：EWAS for GO Category   

在这个搜索模块中，用户可使用单一条件搜索（GO分类名称、GO分类ID、EWAS ID）或多条件搜索（GO分类名称/GO分类ID+EWAS ID）， 获取与该GO分类相关的EWASs详细信息。

操作示例：以线粒体基因组维护为例，Search by GO_Term_Name输入Mitochondrial genome maintenance，即可得到与该GO分类相关的EWASs列表，点击EWAS ID可得到每个EWAS的详细信息。

浏览和下载功能

EWASdb允许用户按照类别或按照字母浏览数据，其中类别子页面中包含7个大类302个子分类

按照类别浏览数据 按照字母浏览数据

所有数据都可以从“下载”页面免费下载。

数据下载

用户还可以点击“EWAS软件”下载EWAS v2.0分析自己的数据。

EWAS软件下载

EWASdb访问地址：http://www.ewas.org.cn/ewasdb

首发公号：国家基因库大数据平台

参考文献

Di liu, Linna Zhao, Zhaoyang Wang, et al. EWASdb: epigenome-wide association study database[J]. Nucleic Acids Res. 2019 Jan 8;47(D1):D989-D993..

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