Hi-C Juicebox 使用 2020-08-21
2020-08-21 本文已影响0人
SnorkelingFan凡潜
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注意事项：
- Juicebox的编辑功能在导入了assembly文件后放大scaffold块，放大到足够大的时候才能出现编辑的剪刀，进行分割染色体区域
- 如果要去掉某些散在区块中的空白区域则需要放大到足够大后，用shift+左键选中空白的区域进行剪切去掉
- 这些需要剪切的空白区域其实是表明这些contig和谁都没有关联，会在1-3.hic的步骤中被去除，相应的最终的.hic文件得到的hic组装结果能挂载到的基因会减少
- 但是如果0.hic的结果太差，可以试用3.hic的结果，也许会更好，有提升功能，如果挂载的基因不太少的话，会很好
- hic的最终assembly是（rawchrom.assembly）
00.nextpolish.final.assembly -> 00.nextpolish.rawchrom.assembly
- 通常来讲，用0.hic对应的结果去进行染色体区块编辑后再进行染色体水平的基因组组装
run-asm-pipeline-post-review.sh，得到fasta的文件，然后再通过已经注释的contig版本的基因组基因的坐标信息，对应上染色体水平的基因组基因信息
关于ALLHiC组装，可以用3d-dna得到的最终基因组fasta结果再用ALLHiC进行组装，相当于基因组已经经过了3d-dna的纠错，得到的可能是更加准确的包含N的基因组序列，再经过ALLHiC进行打断去除N，得到更好的结果
