最经典和广为熟知的多序列比对软件是 clustalw 。 但是现有的多序列比对软件较多，有文献报道：比对速度（Muscle>MAFFT>ClustalW>T-Coffee），比对准确性（MAFFT>Muscle>T-Coffee>ClustalW）。因此，推荐使用 MAFFT 软件进行多序列比对。【来自陈连福博客】

MAFFT

一、安装

wget https://mafft.cbrc.jp/alignment/software/mafft-7.453-with-extensions-src.tgz
tar zxvf mafft-7.453-with-extensions-src.tgz

vi修改extensions和core文件夹中MakeFile文件的第一行prefix路径到个人文件夹

cd mafft-7.453-with-extensions/extensions
make clean
make
make install

cd ../core
make clean
make
make install
#mafft程序在scripts里

二、运行

1. 精确比对

最准确的方法。适合于 <200 条序列，且序列长度 <~2000 aa/nt 的比对

mafft --maxiterate 1000 --localpair input.fa > output.fa 或者 linsi input.fa > output.fa

适合于序列长度相似的多序列比对。序列条数 <200, 序列长度 <~2000 aa/nt

mafft --maxiterate 1000 --genafpair  input.fa > output.fa 或者 einsi input.fa > output.fa

适合序列中包含较大的非匹配区域。序列条数 <200, 序列长度 <~2000 aa/nt

mafft --maxiterate 1000 --globalpair input.fa > output.fa 或者 ginsi input.fa > output.fa

2. 节约时间

减少迭代次数，最大迭代次数减为 2

mafft --retree 2 --maxiterate 2 input.fa > output.fa 或者 fftnsi input.fa > output.fa

最大迭代次数减为 0

mafft --retree 2 --maxiterate 0 input.fa > output.fa 或者 fftns input.fa > output.fa

此方法非常快速，适合 >2000 条序列的多序列比对

mafft --retree 1 --maxiterate 0 input.fa > output.fa

迭代过程中不进行 FFT aproximation

mafft --retree 2 --maxiterate 2 --nofft input.fa > output.fa 或者 nwnsi input.fa > output.fa
mafft --retree 2 --maxiterate 0 --nofft input.fa > output.fa 或者 nwns input.fa > output.fa

3 个参数都设置为最不消耗时间的类型，适合于 ~10,000 到 ~50,000 条序列的比对

mafft --retree 1 --maxiterate 0 --nofft --parttree input.fa > output.fa