基因集合可视化---如何更优雅、快速、方便而全面？
2018-05-19 本文已影响448人
生信石头
很多时候，一图胜千言，故还是先放一张结果图片
进化树与motif以及基因结构同时展示
为什么写？
写这个工具，主要是为了课题需要...当然主要也是为了方便。
这个工具，比较有趣，一个图片主要是有三部分，这也意味着，这三部分的信息是相对独立，但当然也是有所联系。
之前写过三个工具，分别是：
- MEME/MAST的motif可视化
- pfam/NCBI CDD结构域可视化
- 基因结构可视化（可以融合2.中的结构域信息）
整体上，用的朋友还是有一些，但是这些工具存在几个问题：
- 图片的配色比较丑，只适合少量的结构域展示
- 图片的交互不足，只能是圆形，不能改变形状（如果某个结构域，我希望展示为圆形）
- 图片缩放时，字体不会自动缩放
- ....不够自由
- ....!!!! 竟然需要自己拼进化树，对齐耗时
- .....
写成咋样？
既然我也受不了了，那么，还是要重写一个的。这个新的工具有几个特点：
- 整个图形是可以随意缩小变大，左右上下调整
- 可以单独做简单的Newick 字符串的 进化树可视化
- 可以单独可视化MEME/MAST结果，即取代先前的工具之一
- 可以单独可视化基因结构，即取代先前的另一个工具
- 不可能单独可视化pfam/CDD结果....即我忘记写了...，但是可以将这个信息融合到基因结构中，信息会全面
- 可以一次展示上面 1. 2. 3. 4. 的几个信息....，即或许这个才是重点
怎么用？
使用这个工具，可能需要有一些使用先前三个工具的经验，当然，其实也很简单，只是我不会专门介绍，如何获得哪些文件，有需要的朋友，请参考，微信先前推文：
亦即，如果不知道如何获得输入数据，请直接参考以上四篇图文教程。
使用图解
首先是打开TBtools
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如果只是展示进化树
image.png
如果要同时展示MEME/MAST的结果，那么
image.png
如果还要同时展示基因结构（由于需要计算整个gff3的坐标，考虑到GFF3的各类混杂，请在64位操作系统的电脑上运行）
image.png
那么会得到这么一张图
image.png
如果有一些结构域信息要在基因结构上做标记，比如pfam/CDD的输出结果
image.png
于是会得到这么一张图
image.png
但是其中名字还是基因组原始编号，很多时候，我们是需要自己命的基因名字，如
image.png
那么这样，你就会得到一张名字替换好的图片
image.png
以上每个部件都可以单独运行，也还有很多用法，篇幅和精力有限，无法展开。
请注意，三个区块+一个Legend一共是四个Panel，鼠标点击Panel的空白处之后，可以
- 改变Panel的大小
- 拖拽移动panel的位置
比如
image.png
也可改变形状（然而我发现，似乎这个功能没啥用....），可能切换颜色会有趣些
image.png
如何下载最新版的TBtools？
TBtools使用交流群 （553679029）
Omicshare论坛-(近日更新，今天是周六）
差点忘了说，这些天我在TBtools的修改上，做了一次比较大的妥协，具体可能用过前面版本的朋友就会知道....
写在最后
这篇推文可能会有新的读者，想想还是放一个公众号二维码
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