使用hmmscan搜索蛋白序列的结构域

目的

即题目

使用HMMER网站的hmmscan

pfam网站的search，使用的也是这个网站

https://www.ebi.ac.uk/Tools/hmmer/search/hmmscan

界面如下：

hmmscan界面.png

1. 上传蛋白fasta文件 （会跳出一个框要求输入邮箱，填好）

2. 根据需求选择数据库，默认是pfam

3. 设置阈值，默认是gathering threshold

   the gathering threshold is assigned by a curator when the family is built. this is the minimum score a sequence must attain in order to belong to the full alignment of a pfam entry
   --pfam网站
   Specific to hmmscan, the gathering threshold indicates to HMMER to use the sequence and hit thresholds defined in the HMM file to be searched.
   Thus, if a query sequence scores with a bit score greater than or equal to the gathering thresholds, then that match can be treated with high confidence
   --help文档

   如果阈值点选 e值，它的默认参数与 hmmsearch的默认参数是相同的

   hmmscan的E值默认参数.png

网站hmmsearch的默认参数.png

使用同一批序列，尝试上述两种参数。结果是：gathering threshold的阈值是比上 述设置的E值要更严格的。当然，E值是可以根据需求调整的。

4. 点击，submit

结果

hmmscan的结果.png

• family

• clan : 宗族，相当于superfamily

• Description ： 描述

• cross-reference ：链接到EBI的其他数据库

• The start/end positions in the basic view relate to the domain envelope匹配上的结构域位置

• 警示号（▲！）是在选择E值 和 bit score 作为阈值的时候会出现的，表示这条匹配低于数据库指定的阈值（Pfam and TIGRFAMs both curate significance thresholds for their families....To indicate when this is the case, we have included a ⚠ symbol to signify that these matches fall below the database curated thresholds.）

• 2个E值 ：越小越好

• 鼠标放在图形界面的 domin 上会有位置、描述等信息