conda教程，安装软件包及管理环境(Linux)

以下内容来自对官网教程的翻译

conda官方网站：https://conda.io/projects/conda/en/latest/index.html

Conda官方用户指南：https://conda.io/projects/conda/en/latest/user-guide/index.html

Conda是什么？

Conda is a powerful package manager andenvironment manager that you use with command line commands at the AnacondaPrompt for Windows, or in a terminal window for macOs or Linux.

简单说，Conda是一个软件包管理器和环境管理器

Conda能用来做什么？

Conda quickly installs, runs, and updatespackages and their dependencies.

Conda easily creates, saves, loads, andswitches between environments on your local computer. If you need a packagethat requires a different version of Python, you can use conda to set up atotally separate environment to run different version of Python.

Conda能帮助你快速安装各种软件包和它们所依赖的软件包。你也能用Conda便捷地为你要安装的软件包创建各种独立的环境。

Pip is package manager, and virtualenv is anenvironment manager. Conda is both.

Pip是软件包管理器，virtualenv是环境管理器，conda两个功能兼备。

什么是conda environment？

A conda environment is a directory thatcontains a specific collection of conda packages that you have installed. Ifyou change one environment, your other environments are not affected. You caneasily activate or deactivate environments, which is how you switch betweenthem.

Conda环境就是包含了特定软件包的目录，环境之间不会相互影响，你可以通过激活和断开环境在不同环境之间随意切换。为什么需要独立的环境？因为不同软件运行所需要的Python版本不一样，在特定环境里，我们可以安装该软件所需要的python版本，而不会影响其他环境。

当你运行conda的时候，已经有了一个默认的环境base，但是一般不在base里安装软件包，而是先为要安装的软件创建一个独立的环境。

什么是conda chanelle？

Conda channels are the locations wherepackages are stored. They serve as the base for hosting and managing packages.

Conda 通道是存储和管理软件包的基地，conda软件包就是从远程通道下载的

conda常用命令行

命令行是我们用conda管理软件包和环境的语言，常见的命令包括：

查看安装的conda的版本，检验conda已经成功安装并运行：

conda --version

更新软件包管理器conda：

conda update conda

搜索一个软件包：

conda search $package_name

安装一个软件包：

conda install $package_name

在安装软件包的时候指定一个通道：

conda install $package_name --channel conda-forge

在安装软件包的时候指定多个通道：

conda install $package_name --channel conda-forge --channel bioconda

#这里的conda-forge和bioconda都是conda通道

安装另一个软件管理器pip：

conda install pip

安装某个版本的Python：

condainstall python=x.x

更新某个环境里的一个软件包：

conda update --name $environment_name $package_name

更新软件包管理器（conda）：

condaupdate conda

更新python：conda update python

#只会更新到已有版本的最新版，比如python2.x会被更新到最新的2.x版本，而不是python3.x版本。

卸载某一个环境里的一个软件包：

conda remove --name $environment_name $package_name

显示某一个环境下安装的所有软件包：

conda list --name $environment_name

创建一个python版本为x.x的新环境：

conda create --name $environment_name python=x.x

激活一个环境：

conda activate $environment_name

#conda4.6之前的版本要用sourceactivate

断开一个环境：conda deactivate

显示已有的所有环境：

conda info --envs

Tip: --name可以用-n替代，--envs可用-e替代

Conda安装ParitionFinder实例

参考该网站的partitionFinder安装教程：

https://apolo-docs.readthedocs.io/en/latest/software/applications/partitionFinder/2.1.1/index.html

1首先安装Anaconda：https://docs.anaconda.com/anaconda/install/

2 创建并激活环境

#创建一个名为partitionfinder，安装2.7版本的python的环境

conda create -n partitionfinder python=2.7

#激活环境

conda activate partationfinder

用conda info -e查看所有的conda 环境，带*的是被激活的环境，默认是base，输入conda activate partationfinder后，名为partationfinder环境被激活。

3 安装程序partitionfinder和所依赖的软件包

#安装partitionfinder所依赖的软件包(如果在安装包的时候报错，可以试试去官网上查看安装命令：https://anaconda.org/anaconda/repo)

conda install numpy pandas pytables pyparsing scipy

conda install -c anaconda scikit-learn

#建立一个名为software的目录

mkdir software

#进入名为software的目录

cd software

#下载最新版的partitionfinder压缩包

wget https://github.com/brettc/partitionfinder/archive/v2.1.1.tar.gz

https://github.com/brettc/partitionfinder/archive/refs/tags/v2.1.1.tar.gz

#解压压缩包

tar xfz partitionfinderv2.1.1.tar.gz

# 进入目录partitionfinder-2.1.1

cd partitionfinder-2.1.1

#查看文件权限

ls -l

# 赋予执行权限（give it execution permissions）

chmod +x PartitionFinder.py

#检查能否正常执行

python PartitionFinder.py