用ggplot2做富集分析气泡图

数据准备

富集分析软件
由于做的材料不是模式植物，用clusterProfiler上面配置起来有点困难，最要命的是基因组数据库并没有上传NCBI，无法用OrgDb，当然也可以自己做background然后做富集，折腾了好久还是有各种问题...打算等以后有空了再好好折腾吧，毕竟脚尖还没踏进R的大门。

最后选择用CJ大神的TBtools做富集分析，这次以go富集分析为例，需要自己准备的有基因ID对应GOID的一个Background，go-basis.obo直接在软件中下载。根据教程一步一步做完就得到了。（大神更新软件速度较快，建议加TBtools群,实时更新）

TBtools富集分析输出结果

一会需要的数据就是图中箭头指出的这几行，建议把最后corrected p-value（BH-method）改成qvalue，为了在R里面稍微少打点字，嘿嘿。
此外，这次富集出来180多条go注释，太多了，画出的图太长，所以首先筛选了qvalue<0.05的，还是有100多条,然后选了各个class（BP MF CC）的top15，此外在这里建议对EnrichmentScore这一列A-Z排序，然后再对Class排序，（这里主要是为了在展示的时候纵向上把同一个class的GO term防在一起，横向上按照enrichmentScore从小到大排列，此外，在其他的bubble chart中有人用GeneRatio作为横坐标，那么用HitsGenesCountsInSelectedSet除以AllGenesCountsInSelectedSet表头写上GeneRatio;此外如果出现qvalue为0的term，建议把0改成1E-100，不然最后这些0值被-log后会出现na，na则会显示为灰色，为了避免R下面复杂的操作这里最好改成无限接近于0的数字。（这应该不算改数据吧?)准备好后另存为格式为制表符分隔符的文本（.txt)

用ggplot2画bubble chart

1. 设置工作路径：打开Rstudio→Session→Set Working Directory→Choose Directory,然后选择你刚才保存文件的文件夹，也可以直接setwd("~/Dropbox/xxx")
2. 画图

##加载ggplot2包
library(ggplot2)
##读取刚才保存的富集分析结果文件
goinput <- read.table("test.txt",header = T,sep = "\t")##header = T 第一行是表头，sep = "\t"表示以制表符（tab）分割
##利用levels来设置factor中的顺序，保证最后出图时按照我们之前排好的顺序排列
x=goinput$EnrichmentScore
y=factor(goinput$GO_Name,levels = goinput$GO_Name)
##先出一个框架
p = ggplot(goinput,aes(x,y))
##数据特征包括bubble大小来源为匹配到这个term上的基因数，颜色为qvalue，颜色变化为从低到高:"SpringGreen"到"DeepPink"而类型则是class，
p1 = p + geom_point(aes(size=HitsGenesCountsInSelectedSet,color=-1*log(Qvalue),shape=Class,))+
  scale_color_gradient(low = "SpringGreen", high = "DeepPink")
##设置横纵坐标名字，标题，legend名字
p2 = p1 + labs(color=expression(-log[10](Qvalue)),
                    size="Gene Number",
                    x="EnrichmentScore",
                    y="Go_term",
                    title="Go enrichment of test Genes")
##搞个主题，把边框画出来也可以通过ggplot Theme assistant修改
p3 = p2 +theme_bw() 
p3

P1主要信息录入.jpeg p2各标题名称改好.jpeg P3最后修改主题.jpeg