意想不到的rna-seq

疫情期间，经历了风雨的捶打和洗礼，我光荣的把linux的一些命令都forget了...

恰巧赶上重装服务器，所以相当于是从头开始配置我的linxu系统了。
上一篇介绍了SHELL$zsh以及环境变量，接下来是安装miniconda以及创建小环境的一系列操作

一、安装miniconda

1、安装miniconda3

wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

2、添加miniconda3到bash里面

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

3、激活conda

conda  activate

4、安装rna-seq小环境

conda create -n rna-seq

5、进入小环境

conda activate rna-seq

以上miniconda安装参考见：
[参考1] https://www.jianshu.com/p/e75d7c660c20
[参考2] https://www.jianshu.com/p/0b97e212f24f

6、查看当前所在的小环境

conda info --envs

---

---

二、关于conda的一些命令

1、安装PYTHON指定环境

conda create -n  rna-seq python=3.6.5

2、安装环境的同时安装相应的包

conda create -n  rna-seq  python=3.6.5 pandas

3、进入指定的环境

conda activate rna-seq

4、退出当前环境

conda deactivate

5、显示所有的环境

conda env list

三、配置镜像

1、查看所在频道

cat ~/.condarc

2、查看channles

conda config --show

3、移出所有镜像

conda config --remove-key channels

4、清华镜像恢复，故配置清华镜像进入服务器：

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

---

四、下载参考基因组和注释文件

以MUS为例：

wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/000/001/635/GCF_000001635.26_GRCm38.p6/GCF_000001wget 635.26_GRCm38.p6_genomic.gff.gz

解压：

gunzip  GCF_000001635.26_GRCm38.p6_genomic.gff.gz

查看注释文件的内容：

cut -f3 GCF_000001635.26_GRCm38.p6_genomic.gff

发现关于基因信息在第三列，“exon,CDS”，那么统计该物种注释出的基因数目：

cut -f3 GCF_000001635.26_GRCm38.p6_genomic.gff |grep "gene"|grep -v 'pseudogene'|wc -l