用TBtools下载核酸序列怎么分割？TBtools自带fast
2021-08-19 本文已影响0人
大坏蛋HYB
最近需要下载一些核酸序列，之前介绍的ncbi-genome-download好像不能满足我的需要，于是使用TBtools进行下载。
打开TBtools>Sequence Toolkit>NCBI Sequence Fetch>Bulk NCBI Sequence Download
下载界面
粘贴accession号，设置好输出文件夹和文件名，选择对应的核酸格式即可，点击Start.
下载得到一个fasta文件：
我这个是下好的，不是上图示例的
然后打开Sequence Toolkit > Fasta tools > Merge and split
合并与分割界面
把要分割的fasta文件拖进右边第一个框，输出的文件夹拖到右边第二个框，Split Mode选择Record Per line，再点击Start，即可。
分割得到的文件
如果使用脚本的话，则只需
python split_multi_fasta.py -m ec_virus.fasta
也可得到单独每一个fasta文件：
分隔后文件
其实，使用命令行也很方便的，当然图形化界面能更直观知道每一步该要什么，命令行只是把每一步输入到命令里而已。用习惯了命令行，其实也就不要害怕了。
