samtools安装（已更新）

2017-04-14 本文已影响0人砖头机的灵感

安装samtools时，第一次提示没有

htslib-1.4/htslib/bgzf.h:35:18: fatal error: zlib.h: No such file or directory 
#include <zlib.h>

下载了zlib，编译，安装，按照网上的教程

build static libraries
.../zlib-1.2.1]# ./configure
.../zlib-1.2.1]# make test
.../zlib-1.2.1]# make install
build shared libraries
.../zlib-1.2.1]# make clean
.../zlib-1.2.1]# ./configure --shared
.../zlib-1.2.1]# make test
.../zlib-1.2.1]# make install
.../zlib-1.2.1]# cp zutil.h /usr/local/include
.../zlib-1.2.1]# cp zutil.c /usr/local/include

接下来make又出现了问题

bam_tview_curses.c:41:20: fatal error: curses.h: No such file or directory
#include <curses.h>

参照按照教程。
首先下载了ncurses-6.0.tar.gz安装了curses库，接下来提示

cram/cram_io.c:57:19: fatal error: bzlib.h: No such file or directory
#include <bzlib.h>

怎么办，安装库呗 -。-
安装libbz2包.先装了bzip2包。
不说了，继续

cram/cram_io.c:60:18: fatal error: lzma.h: No such file or directory
#include <lzma.h>

半天装不上，在网上看到一条消息，用了他的代码

# sudo find /usr -name lzma.h -print
/usr/src/kernels/3.10.0-327.el7.x86_64/include/config/decompress/lzma.h
/usr/src/kernels/3.10.0-327.el7.x86_64/include/config/have/kernel/lzma.h
/usr/src/kernels/3.10.0-327.el7.x86_64/include/config/rd/lzma.h

妹！果然本地就有！
先安装htslib

configure: WARNING: libcurl not enabled: library not found
configure: WARNING: GCS support not enabled: requires libcurl support
configure: WARNING: S3 support not enabled: requires libcurl support

找出了根源。下载htslib包，放在samtools下并解压缩。安装

./configure
make clean
make
make prefix=/opt/samtools install

加入环境变量。
调试，ok！
至此，samtools安装上了-。-

-----------------------------------2017年8月24日更-------------------------------------
更简单的安装samtools，bcftools：
前面提到的步骤很麻烦，效果也不好，文件目录还比较乱，下面介绍一种更加简洁安装samools家族文件的方法。
以samtools的安装为例（bcftools同），更简单，不易出错的安装samtools套件。

第一步，从github下载所需版本samtools软件包
https://sourceforge.net/projects/samtools/files/samtools/1.5/
也可从github获取最新版本的包

git clone git://github.com/samtools/samtools.git

第二部，解压，此处以目前最新版samtools-1.5为例：

tar -jxf samtools-1.5.tar.bz2
cd samtools-1.5

第三步，编译，安装：

make
make prefix=/opt/biosoft/samtools-1.5 install

第四步，加入环境变量

echo 'export PATH=$PATH:/opt/biosoft/samtools-1.5/bin' >> /etc/profile

现在你已经不需要刚刚下载和解压的软件包了，愉快的删除吧。

cd ../ && rm -rf samtools-1.5 samtools-1.5.tar.bz2

bcftools安装几乎完全一样。需要注意的是，此处我用了root账户。对于普通用户，可以把软件安装在自己有读写权限的目录下，也就是说，要更改prefix=xxx和/etc/profile至你自己的文件目录和文件。

-----------------------------------2019年1月2日更-------------------------------------
小伙伴们，如果安装的时候还是这这那那的报错，那主意几点：
系统相关库安装了吗？
这些库需要指定到安装cmd中吗？
这些需要点linux基础，慢慢摸索吧，不难，可能有点儿繁琐。
如果没有configure，那按照下面这个代码跑一下：
https://samtools.github.io/bcftools/howtos/install.html

祝愉快！

samtools安装（已更新）

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