kmer

基因组组装中的kmer究竟是何方神圣
jellyfish:快速计算kmer分布
Gerbil:支持GPU加速的kmer count工具

1. kmer 是什么？

• kmer 是一段固定长度的序列，这个长度是自己定义的，提高基因组组装效率

  
  image.png

2. jellyfish可以统计DNA序列中Kmer的分布，它运行速度快，内存消耗低，支持并行，是最常用的kmer统计软件之一。

• 拿一段想研究的kmer 去fastq 里面比对试试