比对参数

bowtie2：

单端：

bowtie2 -p 20 [options] -x index -U sample.fq.gz -S sample.sam

双端：

bowtie2 -p 20 [options] -x index -1 sample.R1.fq.gz -2 sample.R1.fq.gz -S sample.sam

其他参数：

-5/--trim5 <int> 剪掉5'端<int>长度的碱基，再用于比对。(default: 0).

-3/--trim3 <int> 剪掉3'端<int>长度的碱基，再用于比对。(default: 0).

-N <int> 进行种子比对时允许的mismatch数. 可以设为0或者1. Default: 0.

-L <int> 设定种子的长度.

ref:Bowtie2使用方法与参数详细介绍 | Public Library of Bioinformatics

hisat2：

hisat2 -p 16 -x $index -1R1.fq -2 R2.fq -S sample.sam

其他参数：

-5/--trim5 <int>  trim <int> bases from 5'/left end of reads (0)

-3/--trim3 <int>  trim <int> bases from 3'/right end of reads (0)

--summary-file    print alignment summary to this file.

--reorder          force SAM output order to match order of input reads

--remove-chrname  remove 'chr' from reference names in alignment

--add-chrname      add 'chr' to reference names in alignment