1. 官方教程

按照官方教程安装会出现一堆bug（包括版本依赖，底层库的缺失，C++源码语法与编译器的不兼容兼容，以及编译器编译过程中的不确定错误），建议在尝试一天之后及时停止源码安装。

1.1 安装Bioconductor

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(version = "3.10")

1.2 安装Bioconductor的依赖包

BiocManager::install(c('BiocGenerics', 'DelayedArray', 'DelayedMatrixStats',
                       'limma', 'S4Vectors', 'SingleCellExperiment',
                       'SummarizedExperiment', 'batchelor', 'Matrix.utils'))

1.3 安装monocle3

install.packages("devtools")
devtools::install_github('cole-trapnell-lab/leidenbase')
devtools::install_github('cole-trapnell-lab/monocle3')

2. 曲线救国之Dyno

 dyno是发表在Nature Biotechnology上的文章，它比较了45种轨迹推断方法，并打包成一个R包，解决了分析单细胞数据路上安装软件的问题。
 安装方法非常简单：

# install.packages("devtools")
devtools::install_github("dynverse/dyno")

3. 曲线救国之docker

 我们可以用其他研究者配置好的docker容器，缺点就是占磁盘空间。
 rnakato/singlecell_jupyter - Docker Image | Docker Hub
 上面这个容器包含了大量已装好的单细胞分析软件，详见官方网页。

docker pull rnakato/singlecell_jupyter