今天学的是linux的软件安装，之前一直云里雾里没有弄清相关概念，希望今天学习之后有所提高。

今天的知识清单

知识清单.PNG

Conda--linux的应用商店

linux安装软件，就像手机要安装app一样，最方便快捷的方式就是从Appstore或者应用商店一键下载安装。而conda就是linux的Appstore/应用商店，先要安装这个软件管家，然后从软件管家中下载安装软件。
而miniconda主要专注于生信领域，适合我们日常使用。

conda和miniconda关系 引自生信星球.PNG

下载miniconda

步骤：

• 1.获得miniconda的下载地址
  网页搜索“miniconda 清华”，进入Anaconda|镜像站使用帮助，找到并进入https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/，找到最新版本miniconda并复制下载地址
  tips: 可以用uname -a查看服务器多少位
• 2.服务器中使用wget 下载地址进行下载

tips: 1.如果别人已经下载好了，可以去拷贝别人的安装包cp
2.sh是脚本文件的后缀，也就是说其实这是一个下载的脚本，如果你安装失败了，这个脚本是不需要重新下载的，还是可以用的。

安装和配置miniconda

• 1.安装
  bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
  tips: 回车跳过中间的版权信息，程序让你enter就enter，让你yes就yes。看到Thank you for installing ...就说明安装成功
  如果出现了路径的配置，有想安装的路径就输入

【友情提示：可以放到家目录的bashrc下，方便以后修改。输入:/home/你的用户名/.bashrc。只不过这种安完以后需要再source ~/.bashrc激活环境变量】；

如果不想自定义那就默认吧，敲Enter继续

• 2.激活
  source ~/.bashrc
  tips: 命令行输入conda，出现满屏的信息说明成功了。不成功就删除miniconda的目录，不需要删除安装包，从上一步开始重新安装。
• 3.添加镜像
  镜像网站，相当于主网站的副本，conda在国外，我们在国内下载软件速度会很慢，因此配置镜像，从镜像网站下载，可以加快下载速度。

# 使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

查看channelsconda config --get channels
移除某个channelsconda config --remove channels
弄好软件管家之后下面就可以正式安装软件了

使用miniconda简单安装软件

以fasqc为例

• 查看已安装的软件列表conda list

• 搜索软件conda search fastqc

• 安装软件conda install fastqc -y
  (加上-y是自动安装，不加的话中途就会弹出步骤让你选择)
  也可以指定安装的版本 conda install fastqc=0.11.7 -y

• 卸载软件conda remove fastqc -y

• 更新软件conda update fastqc

定制conda环境

生信项目可能需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的，比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本，怎么办？
别想了，办法就是分身！！按照你的项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”。

• 查看当前有哪些环境conda info --envs
  (前面带*的就是默认的)
• 建立conda环境：conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
  表示建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic
• 激活conda环境conda activate rna-seq
  (这时默认的*就会转移到rna-seq前面)

卸载conda

#step1
rm -rf ~/miniconda3

#step2
vi ~/bash_profile
#编辑bash_profile
alias ls='ls -G'
alias ll='ls -l'
alias grep='grep --color'
export PATH="/home/bio05/miniconda3/bin:$PATH"
#保存退出
source bash_profile

#step3 删除隐藏的.condarc 、.conda以及.continuum文件
ll -a
rm -r .condarc
rm -r .conda

小技巧：

• 1.「for Windows」选中鼠标左键点一下是复制，右键点一下是粘贴；
  「for Mac」直接cmd + c 复制，cmd + v粘贴。
• 2.输入软件名，如果显示一大片帮助文档，那就是可以使用了
• 3.编辑文本时vim 中移动光标比如到第9行，使用dd就可以快速删除整行