【块】生信上游-2 基本流程

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上游分析的基本流程

1. 测序后质控（fastQC、NGSQC）
2. 去接头（Trimmomatic、FASTX-Toolkit）
3. 序列比对（HISAT2、TopHat、STAR、RASER、bowtie2、bwa）：分为有/无间隔比对，分别适用于比对到基因组与转录组
4. 比对后质控（Picard、RseQC、Qualimap）
5. 序列组装（Cufflinks、StringTie、GRIT、SLIDE、iReckon / Oases、SOAPdenovoTrans、Trans-ABySS、Trinity）：分为有/无参考本组装
6. 表达定量（salmon、kallisto、Sailfish、quasi-mapping、featureCounts、HTSeq-count）：基于转录本的定量还有一种方式是不经过比对直接判断read来源于哪个转录本，前四种就是如此。
7. 定量后质控（NOISeq、EDASeq）：两个R包

参考：
https://blog.csdn.net/qazplm12_3/article/details/76700045
https://blog.csdn.net/weixin_43569478/article/details/108079253
https://www.cnblogs.com/wangprince2017/p/9959008.html
https://yanzhongsino.github.io/2021/11/19/omics_transcriptome.RNA-seq/
https://www.cnblogs.com/qinziting/p/15570084.html