每周文献-190322: DNA甲基化分析工具及silencer
文献题目：RnBeads 2.0: comprehensive analysis of DNA methylation data
DOI(url):https://doi.org/10.1186/s13059-019-1664-9
发表日期：14 March 2019
关键点
DNA 甲基化全功能分析 R 包 RnBeads 2.0 更新。
参考意义
DNA甲基化是一种被广泛研究的表观遗传标记，其在发育和疾病中具有重要作用。最近甲基化分析工具RnBeads 在 bioconductor 上更新了其2.0版本。它可以分析目前诸多种类的甲基化数据，并且可以完成目前甲基化分析相关所有主流内容。
本次升级主要是在输入数据、分析方法、交互界面以及计算效率上进行了提升。软件官方地址为 https://rnbeads.org/index.html 可以进行进一步了解。
在文章中给出了三个应用示例。分别是使用Infinium 450k芯片分析大量的血液样本 DNA 甲基化数据；利用 WGBS 数据在全基因组范围内分析造血细胞的DNA甲基化情况；利用 RRBS 数据分析在肿瘤中对DNA甲基化异质性进行定量分析。我没有测试是不是文章中所有的图都是 R 包直接出图，如果是的话感觉整体分析起来还是比较方便。
相关内容
目前常见的 DN 甲基化测序手段
- Whole-genome bisulfite sequencing (WGBS)
- genome-wide coverage
- single-basepair resolution
- poor sensitivity for detecting small differences
- Reduced representation bisulfite sequencing (RRBS)
- cost-effective
- studying DNA methylation heterogeneity
- the microarray-based Infinium DNA methylation assays
- MethylationEPIC BeadChip (EPIC)
- HumanMethylation450 BeadChip (450k)
文献题目：Compressed Filesystem for Managing Large Genome Collections
DOI(url): https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz192
发表日期： 18 March 2019
关键点
如何管理众多的基因组文件
参考意义
基因组数据的增长速度在一定程度上超过了我们的存储容量，另外还有传输，处理和分析的问题。每隔几天就会看到又有新的基因组被发布，这其中不乏类似于小麦这种的超大基因组。可能你服务器上有大大小小的很多基因组，如何把他们进行合理的压缩和管理就成了一个问题。该工具基于物种间的相似性对基因组数据进行压缩，感觉自己后面可能会用的到，先放在这里有需要的时候方便再查看。
相关内容
说到基因组管理工具，还有一个genomepy是用来从三大数据库进行下载的。
文献题目：Identification of human silencers by correlating cross-tissue epigenetic profiles and gene expression.
DOI(url): https://doi.org/10.1101/gr.247007.118
发表日期： 18 Mar 2019
关键点
鉴定enhancers的多但是鉴定silencers的少
参考意义
作者利用具有组织特异性的 H3K27me3-DNase I 超敏感位点（DHS）peaks 与 25 种不同细胞系中邻近基因的表达负相关，同时利用Hi-C loops 或者 eQTL 进行进一步的鉴定。另外，这些位置也富集了CTCF, MECOM, SMAD4 和 SNAI3等transcriptional repressors。除此之外，作者发现 snp 在预测silencers时和疾病表型显著相关。
相关内容
表观修饰作用
The methylation of H3K9, H3K27, or H4K20 is commonly associated with transcriptional down-regulation (Mozzetta et al.2015). In particular, H3K9me3 features heterochromatin formation of chromosomal regions with tandem repeat structures (Kim and Kim 2012). H3K27me3, which is catalyzed and maintained by Polycomb repressive complexes (PRCs), directly inhibits gene transcription by impeding or poising the occupancy of RNA polymerase II (van Kruijsbergen et al. 2015). Transcriptional dynamics during development and disease initiation have been attributed to H3K27me3 (Simon and Kingston 2009; Sexton et al.2012; Jiang et al. 2013; Pinello et al. 2014; Laprell et al. 2017). Notwithstanding the fact that H3K27me3 is well-known as modification of silencers, the regulatory contribution of H3K27me3 has been asserted to be context-dependent (Young et al. 2011; Lv et al.2016). H3K27me3 and H3K4me1, simultaneously recruited by Polycomb repressive complex 2 (PRC2), collaborate to precisely fine-tune the expression of targeting genes in pluripotent cells(Mikkelsen et al. 2007; Schwartz and Pirrotta 2008).
相关文献
Epigenetic memory at embryonic enhancers identified in DNA methylation maps from adult mouse tissues
