RNA m5C甲基化位点预测工具

2022-10-05  本文已影响0人  生信交流平台

前面小编给大家介绍了一个新的研究热点,RNA m5C甲基化。

【科研热点】RNA m5C甲基化

RNA m5C甲基化相关基因列表

今天小编就给大家介绍几个预测RNA m5c甲基化的工具。


上面这张表格里面了列出了目前主流的一些预测RNA m5C甲基化的工具。从方法分类上看,主要可以分成两类。第一列是基于SVM(support vector machine,支持向量机)的方法,第二种是基于RF(random forest, 随机森林)的方法。这两大类方法都属于ML(machine learning,机器学习)的范畴。

这张表格出自于下面这篇SCI文章,也是一篇讲m5C位点预测的方法的文章。发表于2021年10月,算是一篇比较新的文章。一般这种方法学的文章,都会跟前面已经发表的工具进行比较,在同样的数据集上,表现要优于,至少不能差于已经发表的工具,才能顺利发表。


上面展示的工具中,有些是提供网页版工具的。从表格的第二列

Webserver/software availability我们就能看出来。如果为yes,证明是提供对应的网页工具或者本地版下载。

  1. iRNA-m5C1
    http://lin-group.cn/server/iRNA-m5C/service.html

2. RNAm5Cfinder1
http://www.rnanut.net/rnam5cfinder/

3. iRNAm5C-PseDNC

http://www.jci-bioinfo.cn/iRNAm5C-PseDNC

遗憾是的是目前这个工具对应的网页已经打不开了。其实很多网络工具都逃不过这个宿命。因为上线一个网络工具,是需要有服务器的,对于一些计算密集型的工具,对计算资源的要求还是很高的,这些都需要不菲的经费来支持。可能文章刚发表的几个月还能访问,时间久了机器就down掉了,所以大家还是且用且珍惜吧!

RNA m5C甲基化位点预测工具

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