Linux下bowtie2安装(非conda)和配置

conda安装更好，但这种方法也要学会，因为并不是所有软件都可以conda安装，如果要看conda下安装NGS软件，请看我以前的这篇：用conda安装RNA-seq所需要的工具

养成习惯，安装在固定目录下
比如家目录下，建biosoft文件夹，下面建各个软件的文件夹

$ mkdir biosoft
$ cd biosoft/
~/biosoft$ mkdir bowtie2
~/biosoft$ cd bowtie2/
~/biosoft/bowtie2$ wget https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.3.5.1/bowtie2-2.3.5.1-linux-x86_64.zip/download

解压文件

$ unzip bowtie2-2.3.5.1-linux-x86_64.zip

下面把bowtie2写入bashrc,以便以后随便哪个目录都可以调用

vim ~/.bashrc

最后一行加入
export PATH="$PATH:/home/kelly/biosoft/bowtie2/bowtie2-2.3.5.1-linux-x86_64/"

保存退出

$ source ~/.bashrc

就完成了配置。