CORNAS摸索
2020-04-03 本文已影响0人
没有猫但是有猫饼
用到
CORNAS
是因为我拿到了没有重复的样本,想和GFOLD
对比一下有何不同
详见这篇:我的GFOLD摸索
其实很简单,也不需要用到服务器,all you need 只有RStudio
CORNAS可以在这里下载
这里说一下文件格式
1)首先需要一个.tab
格式的文件,里面包括三列:
第1
列:基因名
,我用的是ENSG
号
第2
列:要比较的第一组数据,即Sample A
第3
列:要比较的第二组数据,即Sample B
2)其次需要一个cornas.config
文件,在这里可以设置一些有关.tab
文件的要求
这里要注意一定要核实 cornas.config 文件中的 Sample A 和 Sample B 与 .tab 文件中的两列顺序要一样
3)最后需要CORNAS.R
文件,这里包含着CORNAS的算法,不要改
接下来就可以操作了
source("你的路径/CORNAS.R")
cornas("你的路径/cornas.config" , "你的路径/.tab")
最后得到的文件可以用Excel
打开↓
每个结果的表头都会显示这些信息
我对比了一下GFOLD
和CORNAS
这两种方法的计算结果,总体都差不多,但是有一些GFOLD = 0
的基因在CORNAS
中是有差异的,如果想要很精确的结果的话,可能可以考虑结合二者的结果进行分析