运行ppsPCP时perl报错:Can't locate Bio
2022-08-28 本文已影响0人
纵纵纵小鸮
运行ppsPCP时显示报错:Can't locate Bio/SeqIO.pm,原因是所调用的perl的@INC环境变量配置不正确,参考@谁冒充我小叮当的回答进行配置:
step1. 使用find ./ -name查找SeqIO.pm模块位置
find ./ -name "SeqIO.pm"
显示如下:

step2. 使用perl -V查看perl 的@INC路径:
perl -V
最后几行即为@INC的路径,如下:

第一行是我刚刚配置的含有SeqIO.pm模块的路径,使用以下命令进行配置:
export PERL5LIB=/home/appl/anaconda3/envs/Bioperl/lib/perl5 #路径写到/Bio之前即可
配置后使用perl -V检查是否成功配置。
现在可以成功运行ppsPCP啦
参考:
https://www.jianshu.com/p/19b9eff643bc
呔!后知后觉的发现这篇文章就是我师兄写的!我俩连perl -V的输出都类似因为是同一个服务器捂脸,嘎嘎嘎师兄厉害