MrBayes安装linux系统下2021-07-29

MrBayes: Bayesian Inference of Phylogeny

官网：http://nbisweden.github.io/MrBayes/download.html
下载链接都是接到github上的。
GitHub - NBISweden/MrBayes at v3.2.7a

官方推荐的也是使用git clone

git clone --depth=1 https://github.com/NBISweden/MrBayes.git
cd MrBayes
./configure 
make && sudo make install

主程序是/MrBayes/src/mb

cd /MrBayes/src
./mb

图片.png

MrBayes-mpi安装

参考了网上操作，但是没有实现了
http://blog.sciencenet.cn/blog-3382681-1143015.html
http://blog.chinaunix.net/uid-12084847-id-5765225.html
https://www.jianshu.com/p/76cf3819757f
http://www.chenlianfu.com/?p=1364
值得注意的是v3.2.7a里配置的参数是--with-mpi不是--enable-mpi了。
但是我依然没有成功，原因如下

checking whether to compile using MPI... yes
checking for mpicc... mpicc
checking for gcc... (cached) mpicc
checking whether the C compiler works... no
configure: error: in `/apps/mb/MrBayes-3.2.7a':
configure: error: C compiler cannot create executables
See `config.log' for more details

按照一些帖子做了尝试。。，然后发现各种报错问题。
然后放弃，使用conda疗法。

sudo apt-get install --reinstall build-essential
sudo dpkg-reconfigure build-essential
sudo apt-get install --reinstall gcc
sudo dpkg-reconfigure gcc
sudo apt-get install mpicc

使用conda安装

考虑到刚刚一些依赖软件的问题，我这里直接创建一个conda环境里安装。

#创建环境并安装mrbayes以及相关依赖包
conda create -n mb mrbayes=3.2.7a
#激活进入环境
source activate mb

mb单线程的mrbayes

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mb-mpi多线程的mrbayes但是不指定多线程运行依然是单线程
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mpirun -np 4 mb-mpi多线程的mrbayes制定了四个线程

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