咸鱼日记

R 按一个条件列表的列名过滤列表

2022-09-25  本文已影响0人  MaizeKnightL

问题描述 :初始群体基因型文件过大,除了通过质控来过滤部分数据外,发现群体基因型中部分个体无表型(在后期分析过程中还是会被去除的),所以为了先减小基因型文件,我想通过表型文件个体数据对基因型文件做一个过滤,也就是通过一个“名单”过滤原列表。

为方便演示,自己做了一个简单的表格。


待筛选表格

我只需要名单表格中567、NEC003、234、52F的数据,而其他数据要过滤掉。


col <- colnames(need_list)
newlist <- 过滤列表[,colnames(need_filter_list) %in% col == TRUE ]

%in%用于判断前一个元素是否出现在后一个col中; == TRUE 也可以不要

效果如下:


筛选后

当然,R处理列表还有merge、dplyr中的select和filter等,但我还没摸索出通过select达到这种效果的方法。欢迎各位朋友告知 。

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