小麦全基因组甲基化研究
2017-11-15 本文已影响18人
Neal_Bio
今天推荐的文章是2015年发表在genome biology上的一篇关于小麦基因组甲基化的研究。文章的题目是“A genome-wide survey of DNA methylation in hexaploid wheat”，作者是Laura-Jayne Gardiner, Mark Quinton-Tulloch, Lisa Olohan, Jonathan Price, Neil Hall and Anthony Hall*
本文开发了一个序列富集系统（〜81 Mb基因区域）来研究异源六倍体小麦基因组的甲基化模式。
从萌发后7天的中国春幼苗中提取基因组总DNA，其中三个在12℃生长，三个在27℃生长。基因组DNA富集，亚硫酸氢盐处理，测序，使用Bismark映射到参考序列。
本文得到的结论如下：
1、全基因组甲基化模式与其他植物里相似;
2、转座子高度甲基化;
3、多数甲基化位点在3个亚基因组之间是保守的，但是亚基因组特异的甲基化位点却显著不同。
甲基化可以进一步分为单基因组（单个亚基因组的甲基化，其他两个基因组非甲基化），双基因组（两个亚基因组甲基化，另外一个非甲基化）或三基因组（所有三个亚基因组的甲基化）
4、启动子甲基化与基因表达的降低相关;
5、单个基因组的甲基化影响基因组特异的基因表达;
6、三基因组甲基化位点在二倍体祖先小麦中也高度保守，而亚基因组特异性甲基化则相对不保守。
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