「基因组」基因组补gap软件
2024-06-17 本文已影响0人
溪溪溪溪溪川
最近看到的一些T2T补gap软件软件：
| software | Download | Time | Article | Journal |
|---|---|---|---|---|
| quarTeT | https://github.com/aaranyue/quarTeT | 2023 | https://doi.org/10.1093/hr/uhad127 | Horticulture Research |
| TGS-gapcloser | https://github.com/BGI-Qingdao/TGS-GapCloser | 2020 | https://doi.org/10.1093/gigascience/giaa094 | GigaScience |
| DEGAP | https://github.com/Jianwei-Zhang/DEGAP | 2024 | 大豆T2T https://doi.org/10.1016/j.xplc.2024.1009 和 DOI: 10.1093/bib/bbae194 | Briefings in Bioinformatics |
| Gap-Aid | https://github.com/panlab-bioinfo/Gap-Aid | - | - | 未发表，看到别人的回答 |
| FGAP | http://www.bioinfo.ufpr.br/fgap/ | 2014 | http://www.biomedcentral.com/1756-0500/7/371/ | BMC research notes |
| LR_Gapcloser | https://github.com/CAFS-bioinformatics/LR_Gapcloser | |||
| yagcloser | https://github.com/merlyescalona/yagcloser | |||
| pbjelly | https://github.com/esrice/PBJelly | 2012 | https://doi.org/10.1371/journal.pone.0047768 | PLoS ONE |
| minimap2 | ||||
| winomap |
多个补gap软件，如TGS-gapcloser + LR_Gapcloser；还有利用minimap2比对，winomap比对，手动补gap的，还有对特定区域PCR补gap，还有利用其他组装软件组装的基因组补洞，比如nextdenovo，verkko等等。TGS-gapcloser 不同ont pb参数，minimap2比对参数，多尝试效果会不同。
总之不同软件效果不太一样，比如序列，长度都不太一样，选择能合理解释的结果即可，也可以结合多个软件补完的结果。
