2021.3.23

1. k-mer的定义

    k-mer就是一段短的DNA片段，DNA的长度为5bp，则叫做5-mer，k一般取奇数（避免正反链混淆）。

2. k-mer的作用

1. 评估基因组大小
2. 利用k-mer间的overlap构建序列
   在Illumunia二代测序过程中，将150bp的序列切割成150-k+1个kmers。然后利用各个kmers之间的overlap构建De bruijn图，得到最优化路径从而拼接成contig。（直接利用reads之间的overlap进行拼接误差很大）

3. Kmergenie评估最合适的k-mer值

3.1 安装

conda install kmergenie -y

kmergenie(v1.7051)的python版本要小于3.9，我重新创建了一个python=2.7的新环境进行的安装。

3.2 使用

kmergenie <fq.list> -o <result> -k 140 -l 71 -s 6 -t 10

重要参数：
1. fq.list：包含需要查询的文件，一行一个文件名
2. -o：结果输出的前缀名
3. -k：系统考虑的最大k值（默认：121）
4. -l：系统考虑的最小k值（默认：15）
5. -s：从最小k值到最大k值，每次增加的值（默认：10）
6. -t：线程数

注意：不可过度依赖该程序预测出的最佳值。