R语言的tximport包导入salmon软件的转录本定量结果并

image.png

salmon做完定量后输出结果如下

我把quants这个文件夹放到R语言的工作目录下
首先是获得所有quant.sf文件的路径

files<-file.path("quants",list.files("quants"),'quant.sf')
files

给数据添加个名称

names(files)<-list.files("quants")
files

导入数据

library(tximport)
txi.salmon.t<-tximport(files,type="salmon",txOut = TRUE)

分组数据

pheno<-read.csv("geuvadis_phenodata.csv",stringsAsFactors = T)
#pheno$sex<-factor(pheno$population)
#paste0(pheno$ids,"_quant") == colnames(txi.salmon.t$counts)

rownames(pheno)<-colnames(txi.salmon.t$counts)

差异表达分析

pheno
library(DESeq2)
dds<-DESeqDataSetFromTximport(txi.salmon.t,
                              pheno,
                              ~population)
dds <- DESeq(dds)
res <- results(dds)
summary(res)
head(res)

这个是转录本水平的定量，如果需要基因水平还需要gtf文件