Programing Language

Genotype data ID处理

2023-12-03  本文已影响0人  Hello育种

因为动物的ID长短不同,但是BLUPF90软件进行分析时,要求ID必须相同,
可以做如下处理:
Linux

awk '{printf "%-n1s %-n2s \n", $1,$2}' genotype.file > new genotype.file


replace n1 for the maximum length of your IDs, and replace n2 with the number of SNPs (integer genotypes case)

自己使用awk '{printf "%-16s %-566170s \n", 1,2}' genotype.file > new genotype.file

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