单细胞多文库数据批读取-R
2022-05-10 本文已影响0人
倪桦
单细胞一个样本通常构建多个测序文库，所以拿到的下机文库数据通常需要合并起来分析，在R中通过dir()函数进行文件检索，配合lapply()进行数据读取，再merge()在一起会快很多
setwd(".")
infiles <- dir(".",pattern = "*_raw.rds", full.names = TRUE,recursive = T)
scRNAlist <- lapply(infiles, readRDS)#读取数据为list
scRNA <- merge(scRNAlist[[1]],scRNAlist[2:length(scRNAlist)])
