转录组测序4-基因表达定量​

前三期视频，我们讨论了测序原始数据，原始数据的质控和过滤，以及拿到cleandata数据后与参考基因组比对获得测序序列在基因组中的位置来源。那么基因组比对后，如何获得基因的表达量信息呢？今天我们开始讨论RNAseq中最重要最核心的数据，基因的定量与差异表达基因的问题。

本节内容要点包括：

（1）基因表达定量的reads count值、FPKM值是如何获得的，代表了什么含义；

（2）基因表达定量结果中，FPKM值在多少是合适的，常见的持家基因、激酶、转录因子、lncRNA等的FPKM值通常保持在怎样的范围；

（3）如果关注的基因的表达值都是0怎么办，说明什么问题呢；

（4）文献刚刚发表的新基因，新转录本，能不能检测到表达量，有没有表达值；

（5）样品中有多物种的情况，比如人的样品中有细菌、病毒等，也想看一下病毒的基因的表达谱，能不能分析；

（6）常见统计图表解读，包括基因表达值的箱线图、主成分分析（PCA）、相关图等；

（7）微阵列芯片和RNA-seq的优缺点比较。

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视频教程：

纪伟讲测序4-基因定量

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